El objetivo del estudio fue determinar la presencia de anticuerpos séricos frente a cuatro patógenos respiratorios (influenza aviar [AI], enfermedad de Newcastle [NDV], bronquitis infecciosa aviar [IBV] y laringotraqueítis infecciosa aviar [ILTV]) que podrían afectar a las aves acuáticas migratorias y residentes de tres lagunas altoandinas del Ecuador. Se colectaron 153 muestras de sangre de aves de siete especies en las lagunas andinas de Colta, Yambo y Yahuarcocha. La presencia de anticuerpos (Ac) contra IBV e ILTV se detectó por un ELISA indirecto (ELISAi) y por la prueba de inhibición de la hemoaglutinación (HI); para NDV e influenza aviar (H5N1 y H7N3) se usó un ELISAc e HI. La seropositividad a NDV fue de 3.2% (5/153), habiendo tres casos en Yahuarcocha en el cormorán neotropical (Phalacrocorax brasilianus), un caso en Colta en la focha andina (Fulica ardesiaca) y uno en Yambo en el pato rojizo andino (Oxyura ferruginea). La seropositividad contra AI fue de 13% (20/153), mayormente en el pato rojizo andino y el zambullidor plateado (Podicceps occipitalis) en Colta, y en el ánade piquiamarillo (Anas georgica), focha andina y pato rojizo andino en Yambo. Asimismo, se encontró Ac séricos contra IBV en dos cormoranes en Yahuarcocha. No se encontraron anticuerpos contra ILTV.