La obesidad es una enfermedad crónica multifactorial de características inflamatorias que afecta a ambos sexos y a todas las edades a nivel mundial, aumentando la morbilidad y mortalidad por diversas enfermedades. La obesidad se asocia a disbiosis de la microbiota intestinal, alterando con ello la absorción de nutrientes y el metabolismo energético. La cirugía bariátrica ha demostrado ser el mejor tratamiento para la obesidad mórbida y las enfermedades asociadas al sobrepeso. Los estudios de los efectos de la cirugía bariátrica sobre la microbiota intestinal, realizados en los últimos cinco años, se caracterizaron por tener poca cantidad de sujetos en las muestras, con seguimientos entre seis meses y un año, teniendo resultados heterogéneos. En general, la cirugía bariátrica produce cambios importantes en la microbiota intestinal, con aumento de los filos Proteobacteria, Fusobacteria y Verrucomicrobia; y disminución del filo Firmicutes. Akkermansia muciniphila puede ser una bacteria-clave asociada a los beneficios obtenidos por la cirugía. La diversidad bacteriana aumenta a partir de los seis meses de la cirugía, y la conformación final de la microbiota, luego de un periodo de adaptación, está asociado a un perfil metabólico bacteriano detox-redox con poca liberación de energía. No se ha demostrado ninguna relación de causalidad entre los cambios de la microbiota intestinal producidos por la cirugía y los efectos beneficiosos de la misma, aunque los estudios de trasplante de material fecal sugieren una verdadera transferencia fenotípica asociada al peso y al perfil metabólico. Conocer los mecanismos de esta relación microbiota-hospedero ayudaría a encontrar intervenciones terapéuticas con los mismos resultados que se obtienen con la cirugía. En conclusión, la cirugía bariátrica induce cambios importantes en la microbiota intestinal, donde los metabolitos bacterianos interactúan con el huésped mejorando el perfil metabólico y contribuyendo a la pérdida del peso.