Objetivo: Determinar los factores socioeconómicos asociados a la mortalidad por homicidio en Costa Rica en el período 2000–2018. Materiales y métodos: Se utilizaron indicadores a nivel cantonal relacionados a los factores demográficos, sociales y económicos en Costa Rica, obtenidos del Instituto Nacional de Estadística y Censos (INEC). Se utilizó un modelo de regresión de Poisson para relacionar las variables de los factores socioeconómicos con la mortalidad por homicidios. Resultados: Los factores que aumentan el riesgo de homicidio en Costa Rica son: grupos etarios de mayor edad (IRR=1.44, p=0.000), sexo masculino (IRR=1.25, p=0.000), grado de escolaridad bajo (IRR=1.22, p=0.000), tasa de desempleo elevada (IRR=1.18, p=0.000), porcentaje de población extranjera elevado (IRR=1.03, p=0.000), índice de pobreza humana cantonal alto (IRR=1.01, p=0.003) y mayor proporción de urbanismo cantonal (IRR=1.01, p=0.000). Conclusiones: La mortalidad por homicidio en Costa Rica presenta una tendencia creciente. Tener mayor edad y sexo masculino son los factores asociados a mayor riesgo para morir por homicidio a nivel cantonal en Costa Rica; mientras que el grado de desarrollo humano cantonal es el factor que otorga menor riesgo.