O exercício do controle social é uma das formas de prática democrática aplicada ao sistema de saúde pública no Brasil. Dentre os mecanismos para o seu exercício, tem-se os relatórios de prestação de contas de natureza econômico-financeira. Tais relatórios são elaborados pelas Secretarias de Saúde e submetidos à deliberação de seus respectivos Conselhos de Saúde, como um dos meios à concretização da transparência dos atos públicos. Este artigo versa sobre uma análise comparada dos relatórios de prestação de contas das Secretarias Estaduais de Saúde, permitindo dessa forma a descrição de possíveis melhorias no processo de divulgação de tais informações. A presente pesquisa se caracteriza pelo tipo documental e natureza qualitativa. Foram analisados os relatórios de prestação de contas dos exercícios de 2008 e 2009 dos seguintes Estados: Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Espírito Santo e Rio de Janeiro. Os resultados sugerem que, apesar de as Secretarias Estaduais divulgarem a maioria das variáveis avaliadas, os Conselhos de Saúde não materializam a análise da gestão pública em seus pareceres, demonstrando que o processo de avaliação das informações carece de melhorias acerca de sua interpretação e recomendações de melhorias das políticas públicas em saúde. No que tange à prestação de contas, aspectos como: definição de prioridades na destinação de recursos e estabelecimento de metas e objetivos ainda não fazem parte da maioria dos relatórios estaduais. Como sugestão para pesquisas futuras, poder-se-á analisar se a amplitude de participação dos conselhos influencia na melhoria dos relatórios de prestação de contas.