El estudio tuvo como objetivo identificar los géneros de agentes bacterianos, parasitarios y micóticos presentes en cuyes de 0 a 7 días de edad muertos durante la estación fría (julio a setiembre de 2012) en el Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA) en el Departamento de Lima, Perú. Para ello se recolectaron 30 animales con menos de 2 horas post-mortem, los cuales fueron identificados y transportados a 4º C. Luego se realizó la necropsia y toma de muestras de órganos (pulmón, corazón, hígado, bazo, intestinos y riñones), heces  y piel (hisopados y raspados). Estas muestras fueron procesadas mediante el cultivo de bacterias (agares TSA, Mac Conkey, Sangre, SS y XLD) y bioquímica para la identificación de enterobacterias (Citrato, Kligler, LIA, SIM y Urea), cultivo de hongos (cultivo en agar Sabouraud) y métodos parasitológicos (directo, Sheater y Ritchie). El agente etiológico de mayor presentación fue la bacteria Salmonella sp. (46,7%); el único género parasitológico identificado fue Eimeria sp. (26,7%) y en ningún caso se presentó alguna infección micótica.