Flavobacterium psycrophilum causa la enfermedad de las aguas frías o síndrome del alevín de la trucha. El trabajo de investigación se desarrolló en el Laboratorio del Área Académica de Microbiología y Laboratorio de Embriología, Histología y Patología Veterinaria. Sección de Ictiopatología. Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, con el objetivo de identificar Flavobacterium psychrophilum en alevines de "trucha arco iris” (Oncorhynchus mykiss). Distrito de Huanta. El estudio fue de tipo no experimental, descriptivo transversal, la población estuvo conformada por todos los alevines del Centro de Producción de la Empresa Nutrimento JANA SAC, ubicado en la comunidad de Razuhuillca del Distrito de Huanta, el muestreo utilizado según el código sanitario para los animales acuáticos fue el muestreo especifico. Se utilizaron técnicas microbiológicas como el aislamiento de microorganismos en medio Flavobacterium, pruebas bioquímicas de orientación y la identificación molecular a través de la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Respecto a los resultados las características fenotípicas de alevinos de “trucha arco iris” presentaron pigmentación oscura en la piel, cambio de color en los riñones y bazo inflamado, en la caracterización fenotípica de las colonias se obtuvieron colonias amarillas, brillantes y mucoides, dentro de las pruebas bioquímicas de orientación las colonias   resultaron ser bacterias Gram negativas, catalasa y oxidasa positiva. La confirmación por la técnica de PCR mostro la banda 971pb indicando positivo para Flavobacterium psychrophilum; con lo que se confirma la presencia de esta bacteria en los alevines de la “trucha arco iris”.