El agua es un recurso indispensable para todos los seres vivos; sin embargo, su contaminación está afectando el equilibrio del planeta. Los microorganismos benéficos de origen natural están siendo utilizados para restaurar los sistemas acuáticos contaminados. En un primer ensayo se estudiaron dos concentraciones de EM (0,05 y 0,1%) y un testigo (sin EM) aplicadas al agua subterránea extraída mediante pozo tubular, analizándose los parámetros físicos, químicos y microbiológicos. En el segundo ensayo se evaluó el efecto de esta agua tratada con EM en la producción y calidad de lechugas cultivadas en hidroponía, determinándose las características morfo-productivos y microbiológicos. Los resultados mostraron diferencias no significativas del pH, incremento de la CE, disminución de la demanda química y biológica de oxígeno, menor concentración de cationes y aniones y una remoción total de coliformes totales y fecales con la concentración 0,1%. Asimismo, el agua tratada con EM mejoró las características morfológicas, rendimiento y la calidad sanitaria de las plantas de lechuga. Los EM resultan una gran alternativa para la descontaminación de agua y la obtención de productos agrícolas inocuos, debido a su bajo costo y generación de una agricultura más sostenible.