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Objetivo: Investigar a mortalidade atribuída para as infecções fúngicas, no Brasil, entre 2003 e 2013. Métodos: Trata-se de um estudo ecológico, em que os dados foram obtidos do Sistema de Informação sobre Mortalidade (SIM), disponíveis na plataforma do DATASUS. As micoses foram identificadas por meio da 10ª revisão da Classificação Internacional de Doenças (CID-10), a qual incluiu as categorias B35-B49 no primeiro capítulo da CID-10. Resultados: No total, 11.991.935 óbitos foram notificados no período do estudo. Os óbitos de 4,192 indivíduos foram atribuídos às micoses. Foram observadas elevadas taxas de mortalidade em todas as regiões brasileiras, com exceção do Nordeste. As principais micoses registradas foram paracoccidioidomicose (35,6%) e criptococose (24,1%). Houve uma tendência na redução do número de óbitos em relação à paracoccidioidomicose. Além disso, em 10.925 declarações de óbitos informavam que as micoses foram causas associadas ao óbito. Criptococose (89,7%) e Histoplasmose (89,4%) foram as micoses mais comumente associadas ao óbito, principalmente em pacientes HIV positivos. Conclusões: Houve uma tendencia na diminuição dos óbitos por infecções fúngicas invasivas. Entretanto, micoses oportunistas continuam sendo importantes causas de morte, especialmente em indivíduos HIV positivos.