Pola pigmen merupakan faktor utama yang menentukan tingginya kualitas ikan hias. Pada benih-benih F1 populasi budidaya ikan badut hitam (Amphiprion percula) diketahui mengalami degeneratif pola pigmen yang menyimpang dibandingkan dengan populasi di alam. Pola pigmen merupakan salah satu karakter fenotip yang diturunkan di mana ekspresinya bergantung pada interaksi genetik dengan faktor eksternal yaitu lingkungan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji peran gen yaitu Aim1 yang mengontrol sintesis melanin dan kondisi lingkungan dalam menginduksi pola pigmen hitam ikan badut hitam (Amphiprion percula). Analisis gen Aim1 dilakukan dengan menggunakan program speedy PCR dilanjutkan dengan SSCP (single strand confirmation polymorphism) untuk mengidentifikasi variasi genetik dari gen Aim1. Analisis SDS Page dilakukan untuk mengetahui peranan lingkungan terhadap profil protein yang disintesis. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa primer Aim1 memiliki sisi pengenalan pada whole genom ikan badut hitam (Amphiprion percula) pada target sequence 45 bp. Berdasarkan analisis SSCP profil fragmentasi amplicon primer Aim1 pada masing-masing tingkatan pada populasi budidaya homolog dengan populasi alam, sehingga gen Aim1 bukan merupakan gen yang mengontrol fenomena degeneratif pola pigmen ikan badut hitam (Amphiprion percula). Peran lingkungan yaitu cahaya memberikan pengaruh positif dalam menginduksi pola pigmen melalui stimulus pada sistem neuron dan migrasi melanophore.