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Con el propósito de estudiar el efecto de las ondas internas en la producción primaria y la biomasa del fitoplancton, se realizó un experimento en la región de las grandes islas del Golfo de California al final del otoño. Durante 48 horas se monitoreó un punto al este de Isla Ángel de la Guarda, y se tomaron muestras de agua para medir pH, oxígeno disuelto, nutrientes inorgánicos (NO 3 y PO 4 ) y clorofila a. Se generaron curvas fotosíntesis-irradiancia para muestras de fitoplancton colectadas de profundidades correspondientes a los niveles de luz de 50% y 1% de la irradiancia superficial (E o ). Las ondas internas cambiaron la estructura de la columna de agua significativamente. A profundidades > 20 m las concentraciones de nutrientes aumentaron hasta el doble, con incrementos de hasta > 1.0 µM de PO 4 y > 7.0 µM de NO 3 . La clorofila a aumentó hasta > 40% entre la superficie y el máximo profundo de clorofila. El número de asimilación, P * m , para la profundidad de 50%E o disminuyó a cerca de 20% de su valor inicial, sin un cambio aparente de este parámetro para el fitoplancton colectado de la profundidad de 1%E o . Los datos obtenidos apoyan la hipótesis de que P * m disminuyó debido a la advección vertical en el área, por transporte del fitoplancton de aguas profundas hacia la superficie, fotoaclimatado a irradiancias más bajas. Se discute sobre la importancia de tomar estos fenómenos en consideración al calcular la producción primaria para estas áreas tan dinámicas, usando datos de sensores remotos y modelos clorofila-luz.