Objetivos: estimar a taxa de transmissão vertical do HIV em crianças residentes de Canoas/RS entre 2012 e 2013; e investigar dados sociodemográficos e de cuidados das crianças e mães no mesmo período. Método: estudo de coorte prospectivo, formado por todos os 45 recém-nascidos vivos e expostos ao HIV, nascidos no período de junho de 2012 a dezembro de 2013, cujas mães foram acompanhadas pelo Serviço de Atendimento Especializado (SAE) de Canoas/RS, até a definição da sorologia para o HIV na criança. O cálculo da taxa de transmissão do HIV foi realizado com 41 crianças que tiveram efetivamente o resultado da exposição ao HIV materno. Resultados: a taxa de transmissão vertical do HIV foi de 4,88%, atribuída à baixa adesão de consultas de pré-natal, à interrupção do Antirretroviral profilático durante a gestação e ao uso de drogas ilícitas pelas mulheres. Conclusão: as informações advindas deste estudo permitirão aos gestores do município planejar intervenções que possam contribuir na erradicação da transmissão perinatal do HIV como forma de contágio.