As relações evolutivas dentro de Metazoa são alvos de debates há décadas. As raízes da compreensão de seus relacionamentos filogenéticos surgiram através da análise de características morfológicas, seguidas de técnicas moleculares cada vez mais sofisticadas, como a filogenômica. Estudos provenientes de dados moleculares trouxeram grandes contribuições propondo novas hipóteses, mas neste momento ainda existem incertezas advindas de problemas de amostragem e técnicas moleculares, resultando em lacunas de conhecimento. No presente trabalho discutimos hipóteses da literatura sobre o posicionamento de alguns táxons chave na evolução dos animais, como Porifera, Ctenophora, Placozoa e Chaetognatha, além de discutir relações internas de grupos mais diversos, como Ecdysozoa, Spiralia e Deuterostomia. Por fim, discutimos suas implicações e consequências para o entendimento das relações entre os metazoários e suas trajetórias evolutivas.