Con el objetivo de evaluar la concordancia entre la autotoma de muestras vaginales y la toma estándar de muestras endocervicales para la identificación de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis y Candida spp. realizadas por el personal de salud en mujeres de un área urbano-rural del Perú, se realizó un estudio prospectivo y transversal en 206 mujeres en edad fértil, identificamos algunas infecciones de transmisión sexual como Chlamydia trachomatis o Trichomonas vaginalis en 9 mujeres (4,4%). Obtuvimos una concordancia casi perfecta en la identificación de Candida spp. (k=0,97), Chlamydia trachomatis (k=0,92) y Trichomonas vaginalis por microscopía (k=1,00), y considerable para la identificación de Trichomonas vaginalis por cultivo (k=0,66). La técnica de la autotoma de muestras vaginales podría ser usada para la identificación de algunas infecciones de transmisión sexual en población urbano-rural.