ANTECEDENTE: La anemia es un problema global de salud pública que afecta frecuentemente a niños. Sin embargo, no hay evidencia conclusiva respecto de la influencia de la altitud en la anemia de los niños andinos.OBJETIVO: Determinar la prevalencia de anemia en niños de dos escuelas rurales ubicadas a diferentes altitudes geográficas en la misma región administrativa.MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio transversal y descriptivo efectuado entre los meses de febrero a marzo de 2017, a través de una fuente secundaria, en pacientes de 5 a 15 años. Los grupos de estudio residían, respectivamente, en Añaspamba y Lita, a 3300- 3500 y 680-700 metros sobre el nivel del mar, respectivamente. A todos los sujetos de estudio se les realizó evaluación médica: medidas antropométricas y concentraciones de hemoglobina. La asociación de riesgo se estableció con razón de momios.RESULTADOS: Se analizaron 228 niños; en 27.6% se detectó anemia y en 11.6% en niños de Añaspamba y Lita, respectivamente. Se estableció la asociación de riesgo entre la prevalencia de anemia y residir en la altura (RM 2.92; p < 0.01); además, se evidenció el riesgo de anemia en niños con sobrepeso (RM 2.92; p < 0.01).CONCLUSIÓN: La prevalencia de anemia fue mayor en los niños de la comunidad rural ubicada en las alturas. Para clarificar esta asociación de riesgo será indispensable aumentar el tamaño de muestra.PALABRAS CLAVE: Anemia; niños; altura; población rural.