O paradigma da Prática Baseada em Evidências (PBE) surgiu na década de 1990 na medicina e, gradualmente, passou a ser incorporado por outras áreas da saúde, incluindo a psicologia. A PBE é definida como o processo individualizado de tomada de decisão clínica que ocorre por meio da integração da melhor evidência disponível com a perícia clínica no contexto das características individuais do paciente. A concepção de uma psicoterapia pautada em evidências parece estar em perfeita harmonia com a ideologia da Análise do Comportamento (AC), que, desde a sua origem, apresenta um forte comprometimento coma sustentação empírica de seus procedimentos terapêuticos. Porém, debates recentes sobre a relação entre AC e PBE, tanto em instâncias formais quanto informais, têm revelado incompreensões e discordâncias quanto a alguns tópicos cruciais, a saber: (1) a função da teoria e da pesquisa básica para a prática clínica; (2) a necessidade de padronização da intervenção; (3) amensuração de desfechos clínicos e o uso do Manual Diagnóstico e Estatístico de Transtornos Mentais; e (4) a relevância das evidências oriundas de ensaios clínicos randomizados. O presente artigo dedica-se a explorar com profundidade cada um desses tópicos, contrastando proposições conceituais, metodológicas e aplicadas, em vistas a um melhor diálogo entre aPBE e a AC. Espera-se, assim, que este trabalho contribua para o desenvolvimento científico da psicoterapia.