Tren variabilitas status trofik adalah informasi dasar pengelolaan ekosistem perairan dalam kaitannya dengan tingkat eutrofikasi. Tujuan penelitian ini adalah menentukan tren variabilitas status trofik baik secara spasial dan temporal sehingga dapat diterapkan dalam konsep pengelolaan perairan. Selama tiga bulan penelitian (Agustus-Oktober 2014), penelitian ini telah berhasil mengumpulkan data dari 48 titik pengamatan baik saat pasang maupun surut yang bertepatan saat bulan purnama maupun gelap. Data yang dikumpulkan lalu dianalisis secara statistik (analisis klaster) dan penentuan indeks TRIX. Hasil analisis secara spasial menunjukkan bahwa lokasi penelitian terbagi menjadi dua wilayah yakni: K1 untuk kawasan pesisir teluk, K2 untuk tengah, dan ujung teluk dengan nilai masing-masing adalah 4,97±0,92 dan 5,51±0,90. Analisis secara temporal menghasilkan dua kelompok yakni pada bulan Agustus (A1) dan September-Oktober (A2) dengan nilai indeks TRIX masing-masing 4,28±0,99 dan 5,78±0,27. Berdasarkan analisisklaster dan indeks TRIX telah menunjukkan secara jelas bahwa kondisi kawasan klaster K1 lebih baik dibandingkan kawasan klaster K2. Kawasan K1 masih dapat dikembangkan untuk budidaya laut keramba jaring apung (KJA), namun dalam perkembangannya, budidaya laut secara terintegrasi berbasis integrated multi-trophic aquaculture (IMTA) dapat diterapkan guna menjaga daya dukung lingkungan perairan Teluk Pegametan. Tren secara temporal menunjukkan pola yang mengikuti fluktuasi air atau pasang surut, serta jadwal kematian massal ikan setiap tahunnya dan berbeda nyata pada saat Agustus hingga September-Oktober. Hasil penelitian ini diharapkan memberikan informasi tentang kondisi perairan Teluk Pegametan sehingga dapat dilakukan pengelolaan kawasan yang lebih baik untuk kegiatan budidaya laut yang berkelanjutan.