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RESUMEN. La deforestación de las selvas provoca la fragmentación de los hábitats, lo cual interviene en la composición, abundancia y demografía de las especies, y por lo tanto, en el aislamiento poblacional en muchas especies. Los impactos de la fragmentación dependerán de la capacidad de respuesta de las especies a los disturbios en su há-bitat, y de la configuración y estructura del paisaje. En algunas poblaciones, la fragmentación del hábitat puede provocar el aislamiento poblacional a largo plazo, por la reducción del tamaño poblacional y el debilitamiento de relaciones entre individuos, aún en especies de alta movilidad como los murciélagos. En México, A. jamaicensis es de los murciélagos más estudiados; sin embargo, son pocos los trabajos enfocados en conocer los impactos de la modificación de su hábitat, en su diversidad y estructura genética. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad, la estructura y la diferenciación genética, así como analizar la historia demográfica de A. jamaicensis en dos hábitats diferentes, utilizando un fragmento de 396 pb de la región mitocondrial D-loop. La red de haplotipos reveló 34 haplotipos únicos de 34 individuos analizados. La diversidad haplotípica fue alta (h = 1) para ambas poblaciones, y la diversidad nucleotídica fue relativamente baja (< 0.03). El análisis de la distribución de diferencias nucleotídi-cas pareadas (distribución mismatch), y los valores negativos de los estadísticos basados en pruebas de neutralidad, sugieren un proceso de expansión demográfica reciente y repentina de A. jamaicensis. Una moderada diferenciación genética apunta a que existe estructura gené-tica de A. jamaicensis. Palabras clave: D-loop, diversidad genética, estructura, haplotipos, historia demográfica. ABSTRACT. Deforestation causes fragmentation of habitats, which in turn affects the composition, abundance and demography of species, and therefore the population isolation of many species. The impacts of fragmentation will depend on the responsiveness of the species to disturbances in their habitat, and the configuration and structure of landscape. In some populations, habitat fragmentation can cause long-term population isolation by the reduction in population size and the weakening of relations between individuals, even in highly mobile species like bats. In Mexico, A. jamaicensis is the most studied bat; however, few studies focused on the knowledge of the impacts of habitat modification in its diversity and genetic structure. Therefore, the objective of this study was to evaluate the diversity, structure and genetic differentiation, and analyze demographic history of A. jamaicensis in two different habitats, using a 396 bp fragment of the mitochondrial Dloop region. Haplotype network revealed 34 unique haplotypes of 34 individuals analyzed. Haplotype diversity was high (h = 1) for both populations, and nucleotide diversity was relatively low (< 0.03). The analysis of the distribution of pairwise differences between sequences and negative values of statisti...