Introducción: El consumo de queso producido con leche cruda puede causar daños a la salud debido a la carga microbiana presente en la leche bronca, que puede incluir microorganismos patógenos. Los cultivos iniciadores endémicos de los quesos artesanales podrían mejorar el sabor de quesos fabricados con leche pasteurizada. El objetivo de este trabajo fue estudiar la dinámica poblacional de bacterias ácido lácticas (BAL) del suero fermentado de queso de hebra (SFQH) y su aislamiento.Método: El suero de queso fue obtenido del proceso artesanal para la elaboración de queso de hebra usando leche cruda (Tuxtepec, Oaxaca, México). Durante 120 h, muestras  de SFQH, que fueron obtenidas en diferentes tiempos, se utilizaron para determinar el pH del medio e inocular cajas con medios selectivos MRS, M17, APT y Elliker. Los aislados obtenidos se caracterizaron morfológica y molecularmente.Resultados: La población de BAL se modificó en función del tiempo de fermentación y del pH (4.05 a 3.4) del suero. Se aislaron 22 cepas catalasa negativas y Gram-positivo. El análisis filogenético (ADNr 16S) indicó la presencia de cuatro cepas del género Enterococcus (VD, VH, VL, VB) y una de Lactobacillus (VK). La cepa VH predominó sobre el resto de los aislados y junto con la cepa VK permanecieron durante todo el bioproceso.Discusión o Conclusión: El cambio en el pH del SFQH permitió aislar cepas de BAL, que podrían utilizarse como cultivos iniciadores para obtener queso de acuerdo a las especificaciones de la NOM-243-SSA1-2010, sin comprometer su calidad sensorial.