Introdução: A ausência de exercícios físicos gerada pela imobilização dos membros inferiores conduza mudanças na composição corporal que geralmente estão associadas com o desequilíbrio da taxametabólica que somados ao estado sedentário podem resultar em obesidade, diabetes mellitus edoenças cardiovasculares. Assim, a melhora do condicionamento físico pode contribuir para promoçãode saúde e qualidade de vida desses indivíduos. Como existe um número muito reduzido de pesquisasnesse sentido, nossa proposta foi investigar os efeitos de um programa de natação adaptada, emprotocolo intervalado, para pessoas com lesão medular, tendo como objetivo verificar a melhora do seucondicionamento físico e, conseqüentemente, de algumas variáveis bioquímicas importantes para asaúde. Metodologia: Participaram do estudo 17 indivíduos com lesão medular, sedentários, distribuí-dos em 2 grupos: 11 participantes do grupo treinamento (GT) e 6 do grupo controle (GC). No GT foiaplicado um protocolo de treinamento intervalado em natação, durante oito semanas consecutivas, 3vezes por semana. O protocolo empregou a braçada do nado peito, nos períodos de trabalho de intensidade moderada a intensa, e a braçada do nado costas, nos períodos de recuperação ativa. O GC nãoparticipou de nenhuma atividade física. Em ambos os grupos foi realizada a coleta de sangue para aanálise bioquímica, antes (avaliação) e após (reavaliação) o programa de natação. Resultados e Discussão: As concentrações de triglicerídeos, colesterol total e LDL-colesterol não apresentaram altera-ções significativas da avaliação para a reavaliação, em ambos os grupos. Entretanto no GT, na dosagem de HDL-colesterol foram observadas diferenças significativas (p=0,0110), evidenciando umamelhora na fase pós-treinamento, o que não ocorreu no GC. Com relação ao estado de condicionamento físico, os resultados revelaram uma diferença significativa em relação ao tempo e à distância percorrida na água quando comparados com a fase pré-treinamento (p<0,001), demonstrando uma grande melhora na capacidade de deslocamento com a braçada do nado peito e uma melhora significativa dafunção cardiorrespiratória. Conclusão: O programa de natação intervalado empregado, com intensidade de moderada à intensa, pode, mesmo em curto período de tempo, promover alterações positivasnos valores de HDL-colesterol dos indivíduos com lesão medular estudados, além de melhorar substancialmente seu condicionamento físico.