A saúde mental tem sido marcada atualmente por diversas reformulações, incluindo a intensificação da medicalização da saúde e presença da pandemia do novo coronavírus. Este trabalho teve como objetivo descrever a percepção da saúde mental pelos profissionais dos programas de residência em saúde, em 2020, durante a pandemia da COVID-19. Tratou-se de estudo observacional e transversal, com abordagem quantitativa, com aplicação de questionário estruturado, auto aplicado e online, para 52 residentes dos Programas de Residência Uni e Multiprofissionais do Hospital Universitário da Universidade Federal de Juiz de Fora. Os dados obtidos foram trabalhados pela análise estatística descritiva e o teste qui-quadrado para verificar a associação entre a autopercepção da saúde mental, as variáveis sociodemográficas e o perfil profissional. Com o intuito de verificar o efeito da realização do acompanhamento da saúde mental, realizou-se análise de regressão logística. Os resultados demonstraram agravamento significativo na percepção da saúde física e mental pelos residentes, comparando o período antes e durante a pandemia, em 2020, e que o acompanhamento da saúde mental foi fator protetor para alterações fisiológicas percebidas pelos residentes no período. Assim, o apoio psicossocial aos profissionais de saúde é de fundamental importância, principalmente quando consideramos o cenário pandêmico.