A crescente demanda por energias renováveis promovem a produção de biocombustíveis por meio da utilização de biomassas, o bioetanol e biodiesel são matrizes energéticas eco-sustentáveis. Embora sua composição seja variada de acordo com a sua origem, as biomassas quando submetidas a pré-tratamentos adequados são blocos químicos para produção de enzimas. A capacidade dos fungos endofíticos colonizarem ambientes suscetíveis a constantes interações metabólicas os tornam candidatos favoráveis na produção de enzimas extracelulares com potencial aplicação na produção de biocombustíveis, uma vez que são aplicados como pré-tratamento biológico de biomassas. Neste contexto, esta revisão contextualiza as fontes de biomassas e recolhe dados sobre estirpes fúngicas endofíticas e técnicas moleculares e de bioprocessos para o rastreio e produção de enzimas. Nós objetivamos evidenciar o atual cenário dos fungos endofíticos e suas enzimas para desconstrução da biomassa lignocelulósica e para catalise da reação de esterificação, bem como as etapas do processo produtivo de etanol e biodiesel, respectivamente.