A sífilis é uma doença polimórfica, infectocontagiosa e sistêmica, causada pela bactéria T. pallidum, considerada um agravo de notificação compulsória. O diagnóstico precoce é um fator importante no seu controle, este é realizado combinando achados clínicos e exames laboratoriais. As técnicas moleculares ajudam no diagnóstico, no entanto, não se tem um consenso sobre qual técnica é a mais adequada, estudos apresentam divergências como, qual gene deve ser usado como alvo, qual sequência dos primers, método de extração e tipo de amostra. Esta revisão procurou investigar com base nas evidências científicas, as técnicas moleculares mais eficazes na detecção de DNA de Treponema pallidum. Para tanto, realizou-se uma revisão sistemática da literatura realizada nas bases de dados PubMed, Science Direct e Lilacs, através dos descritores “sífilis” and “PCR and “diagnóstico” and “biologia molecular”, selecionando trabalhos publicados nos últimos dez anos. A amostra foi composta por 10 artigos. Quanto ao desenho de estudo, o ensaio clínico foi 100% prevalente. Quanto ao método utilizado foi evidenciado variações, 6 utilizaram PCR Nested, 5 PCR em tempo real e 4 PCR convencional, 5 utilizam mais de uma variação. A diferença entre elas, como, tempo para avaliar uma reação, chance de contaminação, reprodutibilidade, especificidade, sensibilidade, precisão e acurácia diagnóstica, mostrou que os dois genes de maior interesse são o pol A e o tpp47. Os testes moleculares em especial o PCR nested demostrou ser promissor tendo boa sensibilidade e especificidade no diagnóstico da sífilis em conjunto com a sorologia para evitar complicações clínicas e transmissão da doença.