Objetivo. Reportar la infección con Leptospira en riñones de murciélagos de Campeche y Yucatán, México, a través de la amplificación por PCR de dos fragmentos distintos del gen 16S RNA ribosomal. Materiales y métodos. Se realizaron capturas en un sitio de Campeche y dos de Yucatán. A los murciélagos capturados se les aplicó la eutanasia y se les realizó una necropsia para recolectar tejido renal que se usó en la extracción de ADN total. Se realizaron dos PCR convencionales para la amplificación de los fragmentos de 16S RNA ribosomal. Se obtuvieron las secuencias de algunos productos positivos y se analizaron con herramientas bioinformáticas para identificar la especie infectante de Leptospira. Resultados. Se capturaron 69 murciélagos pertenecientes a cuatro familias y a ocho especies distintas. La familia con mayor diversidad fue Phyllostomidae con cinco especies. La especie con mayor frecuencia de captura fue Artibeus jamaicensis (59.4%). Las PCR arrojaron una frecuencia de infección global de 21.7%. Las especies infectadas fueron A. jamaicensis, Pteronotus parnellii y Chiroderma villosum. El análisis bioinformático arrojó un 99.0% de identidad para Leptospira noguchii, Leptospira borgpetersenii y Leptospira santarosai. Conclusiones. Algunas especies de murciélagos de Yucatán y Campeche son portadores renales de leptospiras patógenas, por lo que pueden participar en el ciclo silvestre de transmisión en la región. La frecuencia de infección encontrada en los riñones de los murciélagos utilizados es mayor en comparación con aquellas obtenidas en otros reservorios de Yucatán y Campeche. Nuevas especies de murciélagos son reportadas como portadores de Leptospira para México.