El objetivo del estudio fue estimar la prevalencia de helmintiasis gastrointestinal en cuyes de producción familiar-comercial del distrito de Matahuasi, provincia Concepción, Junín-Perú; así como determinar los géneros y especies de helmintos gastrointestinales; carga y tipo de parasitismo (monoparasitismo, biparasitismo o poliparasitismo), grado de concordancia entre el recuento diferencial de parásitos al examen post mortem vs las técnicas coprológicas y la sensibilidad/especificidad de las técnicas coprológicas en el diagnóstico de la helmintiasis gastrointestinal en cuyes. Se adquirieron 262 tractos gastrointestinales de centros de acopio de cuyes provenientes de crianzas familiar-comercial entre enero y marzo de 2017. Se evaluaron los segmentos de estómago, intestino delgado e intestino grueso para determinar la carga parasitaria y se colectaron muestras fecales del recto. El procesamiento de muestras se realizó mediante el recuento diferencial de parásitos al examen post mortem y técnicas coprológicas complementarias (Flotación y Dennis modificado). La prevalencia de helmintos gastrointestinales fue de 82.8 ± 4.6%. Se identificaron Paraspidodera uncinata, Capillaria spp, Trichostrongylus axei y Trichuris spp con frecuencias de 74, 34, 6.1 y 3.4%, respectivamente. El número promedio de helmintos por animal fue 24.7, donde P. uncinata, Capillaria spp, Trichostrongylus axei y Trichuris spp mostraron promedios de 23.5, 8.7, 1.2 y 1.2, respectivamente. El monoparasitismo fue 50.4% y el biparasitismo fue 30.2%. El grado de concordancia entre las técnicas coprológicas presentó valores de Kappa (K) igual a 0.19 y 0.13 indicando que fue del tipo pobre. Las técnicas de flotación y Dennis modificado presentaron una sensibilidad de 39.6 y 29.5% y una especificidad de 89.9 y 93.3%, respectivamente.