Entre as principais hemoparasitoses que afetam os cães no Brasil e no mundo estão a Babesiose e a Erliquiose, sendo a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) o teste de maior sensibilidade e especificidade para detecção molecular dos respectivos agentes. Este trabalho teve como objetivo detectar DNA de Ehrlichia spp. e Babesia spp.  em amostras de carrapatos Rhipicephalus sanguineus e no sangue de cães mantidos sob confinamento no canil do Centro de Controle de Zoonoses (CCZ) de Belém, estado do Pará. As coletas foram realizadas no período de abril a junho de 2019. As amostras avaliadas foram testadas para a detecção de DNA de Anaplasmataceae e Babesia spp. através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e Ehrlichia spp. através da Semi-Nested PCR. Foram obtidas amostras de 81 cães do CCZ, dos quais verificou-se que 74,1% (60/81) estavam infestados por carrapatos. Dentre as amostras sanguíneas analisadas pela PCR, 2,5% (2/81) foram positivas para Babesia spp., não havendo detecção do agente em amostras de carrapato. Por outro lado, 13,6% (11/81) dos cães e 0,96% (1/104) dos carrapatos foram positivas para Ehrlichia spp. Conclui-se que os animais investigados apresentaram elevada taxa de infestação por Rhipicephalus sanguineus, observando-se também a ocorrência de Babesia spp. e Ehrlichia spp. nos cães do Centro de Controle de Zoonoses de Belém, estado do Pará.