La presente investigación tuvo como objetivo demostrar la efectividad del programa de simuladores virtuales en el aprendizaje de Física elemental en la competencia de indagación mediante el método científico para construir conocimiento en estudiantes de 5to año de secundaria. Se tomó como basamento teórico los planteamientos de Papert (1987), Díaz Forero (2012), Meza Cuba (2017), entre otros. Metodológicamente, es una investigación de enfoque cuantitativo, diseño cuasi experimental y aplicada, la población analizada estuvo conformada por los estudiantes del 5to año de secundaria los 10 mejores colegios privados de Chiclayo, seleccionando con el muestreo no probabilístico, por conveniencia a 50 estudiantes que llevaron el curso de Física Elemental. El grupo experimental (GE) estuvo conformado por 24 estudiantes y el grupo control (GC) por 22 estudiantes. Los resultados determinaron que las aplicaciones de los simuladores virtuales causaron efecto significativo en el aprendizaje del curso de física elemental en la competencia de indagación mediante el método científico. Para la contrastación de hipótesis se utilizó la prueba U de Mann-Whitney que arrojo un valor U = 73,000, (p_ valor = 0.000<0.05) para el grupo control y U=82,500 (p_valor=0.000<0.05) para el grupo experimental. Se concluyó que las estudiantes del GE obtuvieron mejores resultados después de la aplicación de los simuladores virtuales. El programa de simuladores virtuales para mejorar el aprendizaje en el curso de física elemental, implica dos teorías fundamentales del aprendizaje como el construccionismo de Seymour Papert y el conductismo de Burrhus Frederic Skinner.