Medidas morfológicas de peixes, extraídas de seu contorno, são indicadores importantes com aplicações na indústria pesqueira bem como para monitoramento e preservação das espécies. Assim, técnicas automáticas da extração do contorno tem sido exploradas e o desenvolvimento de métodos de segmentação de imagens de peixes são necessárias. Portanto, o objetivo deste trabalho foi desenvolver um método para medir automaticamente o comprimento do peixe, usando a rede Mask R-CNN na tarefa de segmentação de peixes. Comparando as medidas do comprimento do peixe do método proposto com a medida realizada manualmente, foi obtido um erro relativo médio de apenas 2,26%. Assim, um sistema para a automatização desse processo pode ser mais rápido, mais eficaz e mais escalável.