BackgroundOur study aimed to assess the presence of different pathogens in ticks collected in two regions in Côte d’Ivoire.Methodology/Principal FindingsReal-time PCR and standard PCR assays coupled to sequencing were used. Three hundred and seventy eight (378) ticks (170 Amblyomma variegatum, 161 Rhipicepalus microplus, 3 Rhipicephalus senegalensis, 27 Hyalomma truncatum, 16 Hyalomma marginatum rufipes, and 1 Hyalomma impressum) were identified and analyzed. We identified as pathogenic bacteria, Rickettsia africae in Am. variegatum (90%), Rh. microplus (10%) and Hyalomma spp. (9%), Rickettsia aeschlimannii in Hyalomma spp. (23%), Rickettsia massiliae in Rh. senegalensis (33%) as well as Coxiella burnetii in 0.2%, Borrelia sp. in 0.2%, Anaplasma centrale in 0.2%, Anaplasma marginale in 0.5%, and Ehrlichia ruminantium in 0.5% of all ticks. Potential new species of Borrelia, Anaplasma, and Wolbachia were detected. Candidatus Borrelia africana and Candidatus Borrelia ivorensis (detected in three ticks) are phylogenetically distant from both the relapsing fever group and Lyme disease group borreliae; both were detected in Am. variegatum. Four new genotypes of bacteria from the Anaplasmataceae family were identified, namely Candidatus Anaplasma ivorensis (detected in three ticks), Candidatus Ehrlichia urmitei (in nine ticks), Candidatus Ehrlichia rustica (in four ticks), and Candidatus Wolbachia ivorensis (in one tick).Conclusions/SignificanceFor the first time, we demonstrate the presence of different pathogens such as R. aeschlimannii, C. burnetii, Borrelia sp., A. centrale, A. marginale, and E. ruminantium in ticks in Côte d’Ivoire as well as potential new species of unknown pathogenicity.

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The following information is missing from the Funding section: This study was supported by UEMOA (P-Z1-IAD-002 PAES project number 2100155007376).

Nous remercions l'UEMOA à travers le Projet d'Appui à l'Enseignement Supérieur dans les pays membres de l'UEMOA (PAES) pour l'appui financier apporté pour la réalisation de cette étude. N° du projet : P-Z1-IAD-002 N° du don : 2100155007376. RESUME Rhipicephalus (Boophilus) microplus est une tique caractérisée par sa résistance à la plupart des acaricides utilisés de nos jours. Les outils pour le choix des stratégies de lutte ou d'éradication permettant l'obtention de résultats durables sont encore peu accessibles. En entomologie et dans de nombreux autres domaines de recherche impliquant des études sur les arthropodes, l'étude de la variation des formes s'est avérée utile pour l'identification des espèces et la caractérisation des populations. Ainsi, dans notre étude, nous avons étudié le niveau de diversité morphologique de R. (B.) microplus par deux méthodes, notamment la morphométrie classique (MC) et la morphométrie géométrique (MG) sur des tiques collectées dans dix fermes issues de deux axes du couloir de transhumance Ivoiro-Burkinabé. L'analyse des résultats a montré une hétérogénéité morphologique en fonction de la position géographique des populations étudiées sur ces axes du couloir de transhumance. Les deux méthodes ont montré des résultats similaires mais la morphométrie géométrique s'est présentée comme une approche intéressante car elle permet de visualiser les différences de forme entre groupes ou entre individus. Nous avons ainsi montré dans quelle mesure ces deux approches peuvent aider à comprendre l'épidémiologie, la structuration et la mobilité des populations de tiques à moindre coût et en conséquence, participer à l'amélioration et la durabilité des activités régionales de lutte.