Con el propósito de caracterizar el ictioplancton (composición por especie, distribución y abundancia), en tres áreas marinas protegidas del Sistema Nacional de Parques, (Parque Nacional Natural Sanquianga, Parque Nacional Natural Gorgona y Santuario de Fauna y Flora Malpelo) en el Pacífico colombiano durante noviembre de 2009, se realizaron expediciones científicas para obtener las muestras mediante el empleo de redes bongo, efectuando arrastres de zooplancton de acuerdo con la metodología establecida por Smith y Richardson (1979), se separaron y contaron los huevos y se identificaron larvas de peces colectados en el copo de 300 micras, con base a sus caracteres merísticos, morfométricos y de pigmentación, hasta el menor nivel taxonómico posible. Se capturaron 3.155 larvas de peces distribuidos en 1.553 larvas/10m2 (49,22%) pertenecientes a 16 familias, 24 géneros y 33 especies para el PNN Sanquianga; 1.411 larvas/10m2 (44,72%) pertenecientes a 29 familias, 44 géneros y 52 especies para el PNN Gorgona y 191 larvas/10m2 (6,05%) pertenecientes a 12 familias, 18 géneros y 21 especies para el SFF Malpelo. Las principales familias capturadas y representativas de cada área fueron Engraulidae (PNN Sanquianga), Bregmacerotidae (PNN Gorgona) y Photichthyidae (SFF Malpelo). El análisis de comunidad NMS fue muy consistente evidenciando que la ubicación de las áreas PNN Sanquianga (costera), PNN Gorgona (intermedia) y SFF Malpelo (oceánica), marca una clara diferencia en la composición, distribución y abundancia de las larvas. El área protegida del PNN Sanquianga presentó las mayores abundancias, seguida del PNN Gorgona. El SFF Malpelo presentó las menores abundancias probablemente como una respuesta de los organismos a las altas temperaturas que se presentaron durante noviembre de 2009 especialmente en esta área, coincidiendo con lo reportado por el Boletín de Alerta Climática (BAC, 2009) de julio de 2009 que reporta el desarrollo de un evento El Niño, que se extendió hasta el primer trimestre del 2010. Se encontraron por primera vez, huevos de la familia Engraulidae en la zona de Malpelo, probablemente como un resultado de posibles alteraciones en el sistema de corrientes en el Pacífico colombiano, donde esta familia pudo desplazarse a zonas no habituales en su distribución.