Introdução: A estreita associação entre humanos e animais de companhia (cães e gatos domésticos) e a suscetibilidade dessas espécies ao SARS-CoV-2 vem trazendo questionamentos sobre o potencial zoonótico desse agente. Nesse contexto, a bioinformática é uma ferramenta útil pois, a partir das sequencias genéticas de SARS-CoV-2, permite inferir sobre a origem desse vírus nas diferentes espécies e sobre seu o impacto no homem e nos animais. Objetivo: O objetivo desse trabalho foi realizar o estudo filogenético do SARS-Cov-2 associado à infecção em cães e gatos domésticos a partir de sequências completas do gene que codifica a proteína S disponíveis no banco de dados do GenBank, buscando, através de ferramentas de bioinformática, trazer mais informações sobre a origem e potencial zoonótico desses agentes. Material e Métodos: Um total de 29 sequências de gatos e 13 de cães de diferentes países foram obtidas no site do NCBI (National Center for Biotechnology Information) e o gene que codifica a proteína S do SARS-CoV-2 analisados. Foram também incluídas oito sequências de SARS-CoV-2 em humanos e uma sequência de BatCoV (utilizadas como referência na análise filogenética). Resultados: Foram observados valores de homologia bastante elevados entre as amostras humanas e as amostras caninas e felinas, variando entre 100% e 98,5%. Valores mais baixos foram observados entre as sequências caninas e felinas e a variante mais recentemente descrita Ômicron. A sequência de coronavirus de morcego MZ9370 (2021) apresentou uma homologia de 87 a 87,2% em comparação com as sequências humanas, felinas e caninas. A árvore filogenética evidenciou a formação de um grande clado englobando amostras felinas, caninas e humanas reunidas e um clado menor com a sequência de coronavírus de morcego do estudo. Conclusão: Os resultados da análise evolutiva sugeriram o aparecimento simultâneo das amostras de SARS-CoV-2 em cães, gatos e humanos e um agrupamento filogenético das sequências, em sua maioria, por países. Essas análises sugerem que as sequências de SARS-CoV-2 descritas em cães, gatos e humanos possuem uma origem filogenética comum, o que, somado ao conhecimento sobre as características do vírus, contribui para a hipótese de transmissão interespécie.