Edwardsiella tarda (E. tarda) is a rare pathogen in humans, especially during the peripartum period. Only a few cases of fatal neonatal infection with E. tarda have been reported. Herein, we describe a case of maternal septicemia caused by E. tarda following peripartum chorioamnionitis. The mother developed septic shock, disseminated intravascular coagulation and a post-cesarean wound hematoma with abscess. Her condition improved with multidisciplinary therapy including blood transfusion, antimicrobial agents, recombinant thrombomodulin and surgical debridement. E. tarda was isolated from the maternal blood, cesarean wound and neonatal skin, pharynx and gastric fluid. This case demonstrates that peripartum infection with E. tarda is a rare but life-threatening condition, not only for the neonate but also for the mother.

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We have developed a mapping pipe line for RNA-seq data analysis. In the mapping pipe line, we combined Bowtie and TopHat to handle splicing and improve the number of unique reads. Furthermore, we have proposed a novel algorithm to define annotation of non-coding RNA, and we have developed a data processing program using a novel algorithm. Additionally, in order to find new functional genes, we have developed an analysis program for RNA expression in the intergenic region. キーワード : NGS, RNA-seq, Data analysis, Mapping pipe line, NcRNA, Intergenic region, Programming 1 NGS (Next Generation Sequencer) を用いた RNA-seq 解析 において，Bowtie [1] と TopHat [2] を組み合わせてマッピ ングを行うことでマッピング率を保ちつつスプライシン グを考慮できる．また，ユニークリードも増加する．し かし，Bowtie と TopHat を連結させるためには，データ形 式の変換処理に対して逐次的にコマンドを投入する必要 があるため，作業が煩雑となる．このため，一連の処理 の流れを一括して行うマッピングパイプラインの開発を 行った．次に，ncRNA (non-coding RNA) の発現量解析を 行うため，ncRNA のアノテーションを定義する新たなア ルゴリズムに基づくデータ処理プログラムを開発した． また，従来の RNA-seq 解析では，主に既知遺伝子に対す る RNA の発現量を解析対象としていた．しかし，新た な機能を持つ遺伝子を発見するためには，遺伝子間領域 に対する RNA の発現量を解析する必要がある．このた め，遺伝子間領域における RNA 発現量解析プログラム を開発した． 2 Bowtie TopHat Figure 1 に開発したマッピングパイプラインの流れ を 示 す． 実 行 す る ツ ー ル と し て は，Bowtie, TopHat, bowtie2-build, bam2fastx, SAMtools がある．まず，TopHat を用いてマッピングを行い，TopHat にてマッピングに失 敗したリードを Bowtie にてマッピングを行う． bowtie2build は，TopHat と BowTie への入力ファイル生成のため に使用し，bam2fastx と SAMtools は，ファイルの形式変 換に用いる．なお，SAMtools は，マッピング結果のソー トおよび統合にも使用する．マッピングパイプラインで は，シェルスクリプトを用いて処理の流れを一括して実 行する．各データ処理を 1 行ずつスクリプトファイルに 記述することで，一括して処理の流れが実行される．

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