Este trabajo presenta una metodología para la determinación de prioridades de investigación y su contextualización en un sistema territorial de salud. Se realizó una búsqueda de información sobre tendencias internacionales y nacionales, un análisis bibliométrico basado en co-ocurrencia de palabras, y se valoraron los pasos y herramientas a considerar en la propuesta a delinear. Las principales variables y sus relaciones se representaron en una red de co-ocurrencia que junto a los clusters y la cuantificación de la ocurrencia denotaron las etapas y los instrumentos más relevantes y, por ende, referentes para el diseño de la metodología. Se percibe que la priorización de la investigación es clave para definir políticas públicas, científicas o de ciencia, tecnología e innovación, para asignar recursos eficientemente y para diseñar planes de intervención. La metodología abarca estos preceptos y constituye un proceso sistemático de apoyo a la gestión de la ciencia y la innovación en salud.