El propósito de esta investigación fue analizar el efecto que tiene la cooperación tecnológica con socios empresariales y organizaciones del conocimiento, tanto nacionales como extranjeras, sobre el desarrollo de la innovación tecnológica y no tecnológica en las empresas del sector manufacturero colombiano. Se realizó una investigación con enfoque cuantitativo, en la que se usó información secundaria de 1.845 empresas manufactureras, recopilada en la IX encuesta de Desarrollo tecnológico e Innovación de Colombia. Los resultados indican que la cooperación con empresas nacionales tiene un mayor efecto sobre la innovación de producto y proceso, mientras que la cooperación con organizaciones del conocimiento nacionales aporta más a la innovación organizacional. Se encuentra también que la innovación de mercado no es influenciada por ningún tipo de cooperación, y que la cooperación internacional no tiene efecto sobre ningún tipo de innovación. Se concluye que los tipos de innovación tienen distintos determinantes que favorecen su consecución, por ende, la decisión de realizar cooperación tecnológica debe partir de la definición de la estrategia empresarial y del conocimiento de la contribución que puede hacer cada tipo de socio a la misma.