Σκοπός της παρούσας διατριβής είναι η ανάπτυξη και η επικύρωση κατάλληλων μεθόδων με την τεχνική της φασματομετρίας μαζών για μελέτες βιοϊσοδυναμίας και μελέτες καταλοίπων, δεδομένης της σημασίας τους για την ανάπτυξη γενόσημων φαρμάκων με στόχο την αντιμετώπιση σοβαρών ασθενειών. Αρχικά, μελετήθηκε η πραμιπεξόλη (PPX), η οποία αποτελεί σημαντική φαρμακευτική ουσία για την αντιμετώπιση της Νόσου του Πάρκινσον. Η PPX προσδιορίστηκε σε ανθρώπινο πλάσμα. Η νέα μέθοδος παρουσιάζει χαμηλό όριο ποσοτικοποίησης (LLOQ) το οποίο βρέθηκε να είναι 0,1 ng/mL, το οποίο βρίσκεται στο ίδιο επίπεδο με τις αντίστοιχες δημοσιευμένες μελέτες οι οποίες όμως απαιτούν πιο σύνθετη και ακριβή οργανολογία όπως αυτή της συζευγμένης φασματομετρίας μαζών (HPLC-MS/MS). Ως εσωτερικό πρότυπο χρησιμοποιήθηκε η αμισουλπρίδη. Η μέθοδος επικυρώθηκε πλήρως σύμφωνα με τις οδηγίες του Αμερικανικού φορέα Φαρμάκων και Τροφίμων (FDA) και του Ευρωπαϊκού φορέα φαρμάκου (EMA), οπότε και κρίθηκε κατάλληλη να χρησιμοποιηθεί σε μελέτες βιοϊσοδυναμίας και φαρμακοκινητικής. Δεύτερο τμήμα της εργασίας αποτέλεσε η ανάπτυξη και η επικύρωσή μεθόδου για τον ταυτόχρονο προσδιορισμό της τοπιραμάτης (TPM) και της λαμοτριγίνης (LMG) σε ανθρώπινο πλάσμα, δύο σημαντικών αντιεπιληπτικών ουσιών. Κατά την ανάπτυξη της μεθόδου εξετάστηκαν και οι δύο πηγές ιονισμού ηλεκτροψεκασμού (ESI) και χημικού ιονισμού σε ατμοσφαιρική πίεση (APCI) και αξιολογήθηκαν τα φάσματα που ελήφθησαν και στις δύο περιπτώσεις. Ιδιαιτέρως μελετήθηκε η περίπτωση της ΤPM στην οποία εμφανίζονται ιόντα προσθήκης. Ακολούθησε η διερεύνηση της κατεργασίας εκχύλισης κατά την οποία εξετάστηκαν και οι δύο ουσίες με την τεχνική υγρό-υγρό εκχύλισης (LLE) για ένα μεγάλο αριθμό διαλυτών και μιγμάτων διαλυτών. Με αυτή τη μέθοδο επιτεύχθηκαν χαμηλά όρια ποσοτικοποίησης LLOQ (3.0 ng/mL), ανάλογα με αυτά που επιτυγχάνουν μέθοδοι οι οποίες χρησιμοποιούν συστήματα HPLC-MS/MS. Η μέθοδος επικυρώθηκε πλήρως σύμφωνα με τις οδηγίες του FDA και του EMEA, οπότε είναι κατάλληλη να χρησιμοποιηθεί σε μελέτες βιοϊσοδυναμίας και φαρμακοκινητικής.Σε τρίτο στάδιο πραγματοποιήθηκε συγκριτική μελέτη για τον ταυτόχρονο προσδιορισμό των αντιβιοτικών στρεπτομυκίνη (STR) και διυδροστρεπτομυκίνη (DHSTR) σε δείγμα γάλακτος. Η πρώτη μέθοδος βασίστηκε στην χρωματογραφία σύζευξης ιόντων (Ion pair chromatography, ΙΡ) ενώ η δεύτερη βασίστηκε στην χρωματογραφία υδρόφιλης αλληλεπίδρασης (Hydrophilic interaction chromatography, HILIC). Πραγματοποιήθηκε συγκριτική μελέτη ανάμεσα στις δυο μεθόδους, τόσο για την απαιτούμενη κατεργασία του δείγματος όσο και για την επίδραση στο σήμα της πηγής ιονισμού ESI. Η μέθοδος HILIC απαιτούσε διαδικασία προκατεργασίας δείγματος με λιγότερο αριθμό σταδίων σε σχέση με την αντίστοιχη διαδικασία για την ΙΡ μέθοδο. Επιπλέον, η μέθοδος HILIC παρουσιάζει αυξημένη ευαισθησία 80 και 210 φορές στη STR και τη DHSTR σε σχέση με την μέθοδο IP. Ωστόσο και οι δυο μέθοδοι κρίνονται κατάλληλοι για την χρήση τους σε μελέτες καταλοίπων κτηνιατρικών σκευασμάτων.