Η παρούσα διατριβή, είχε στόχο τη διερεύνηση του ρόλου του Καφέ Ευρωπαϊκού λαγού (Lepus europaeus), ως πηγή σημαντικών αναδυόμενων και επαναδυόμενων παθογόνων παραγόντων. Οι ορολογικές και μοριακές εξετάσεις που διεξήχθησαν, αποτέλεσαν την πρώτη διερεύνηση της παρουσίας μόλυνσης ή / και της έκθεσης του Καφέ Ευρωπαϊκού λαγού σε παρασιτικούς και βακτηριακούς παθογόνους παράγοντες, συμπεριλαμβανομένων των Toxoplasma gondii, Neospora caninum, Leishmania infantum, Bartonella spp, Brucella spp, Coxiella burnetii και Francisella tularensis στην Ελλάδα. Επιπλέον, καθορίστηκε η oικολογική θέση των οροθετικών λαγών στα πρωτόζωα T. gondii και L. infantum. Ο ρόλος αυτού του είδους στην επιδημιολογία της λεϊσμανίασης, διερευνήθηκε περαιτέρω με τη χρήση Συστημάτων Γεωγραφικών Πληροφοριών (ΣΓΠ) για την αναγνώριση των περιβαλλοντικών παραμέτρων, οι οποίες σχετίζονται με τη μόλυνση των λαγών από τα είδη του πρωτόζωου Leishmania καθώς και μέσω της φυλογενετικής ανάλυσης των αλληλουχιών των πρωτόζωων Leishmania που ανιχνεύθηκαν σε λαγούς. Η φυλογενετική θέση των πρωτόζωων Leishmania spp που ανιχνεύθηκαν σε ανθρώπους, σκύλους, γάτες και λαγούς στην περιοχή της Θεσσαλίας, καθώς και η πρώτη ένδειξη για την κυκλοφορία της L.donovani στην Ελλάδα αποτελούν επίσης μέρος αυτής της διατριβής.Στο πρώτο κεφάλαιο, έγινε μια ανασκόπηση των εργαλείων που έχουν αναπτυχθεί για τη μοριακή διάγνωση της Λεϊσμανίασης, την ταυτοποίηση των ειδών και τη φυλογενετική τους ανάλυση, εργαλεία τα οποία παρουσιάζουν διαφορετική ευαισθησία και διακριτική ισχύ.Η πρώτη αναφορά της παρουσίας μόλυνσης από είδη του πρωτόζωου Leishmania στην Ελλάδα, γίνεται στο δεύτερο κεφάλαιο αυτής της διατριβής. Ο επιπολασμός μόλυνσης από πρωτόζωα Leishmania στους λαγούς βρέθηκε να είναι 23.49% στη Βόρεια Ελλάδα (νομοί Θεσσαλονίκης και Χαλκιδικής) από το 2007-2011. Η φυλογενετική ανάλυση, έδειξε ότι οι αλληλουχίες των πρωτόζωων Leishmania που ανιχνεύθηκαν σε λαγούς, ανήκουν στο σύμπλεγμα Leishmania donovani. Η ομολογία των αλληλουχιών των νουκλεοτιδίων μεταξύ των πρωτόζωων Leishmania που ανιχνεύθηκαν σε σκύλους της ίδιας περιοχής και αυτών που ανιχνεύθηκαν σε λαγούς ήταν 98,9%, υποδηλώνοντας την πιθανή αλληλεπικάλυψη του άγριου και οικόσιτου κύκλου μετάδοσης του πρωτόζωου Leishmania spp στην περιοχή. Δεν υπήρξαν ενδείξεις σύνδεσης των περιστατικών Λεϊσμανίασης σε ανθρώπους και των μολυσμένων λαγών στους νομούς που μελετήθηκαν. Η υπόθεση που διατυπώθηκε ήταν ότι στην περιοχή της Χαλκιδικής επικρατεί ο άγριος κύκλος μετάδοσης της Λεϊσμανίασης, ενώ στην περιοχή της Θεσσαλονίκης φαίνεται να υπάρχει αλληλεπικάλυψη του άγριου και οικόσιτου κύκλου μετάδοσης του πρωτόζωου Leishmania. Η βροχόπτωση αναγνωρίστηκε ως η περιβαλλοντική παράμετρος που επηρεάζει την παρουσία του DNA του πρωτόζωου Leishmania στους λαγούς, καθώς η αύξηση της βροχόπτωσης κατά μια μονάδα, αναμένεται να αυξήσει την πιθανότητα παρουσίας λαγών μολυσμένων με το πρωτόζωο Leishmania κατά 6,1%.Το τρίτο κεφάλαιο, αφορά στην μοριακή και ορολογική διερεύνηση για την παρουσία μόλυνσης ή / και έκθεσης των Καφέ Ευρωπαϊκών λαγών από τη Βόρεια και Κεντρική Ελλάδα, σε παρασιτικούς παθογόνους παράγοντες κατά τη διάρκεια θηρευτικών περιόδων δύο ετών, η οποία έδειξε ότι το 5.7%, 0.95% και 12.4% των λαγών αντέδρασαν θετικά στην παρουσία αντισωμάτων έναντι των T.gondii, N.caninum και L.infantum. Αντίστοιχα, οι εξεταζόμενοι λαγοί ήταν μολυσμένοι με τα πρωτόζωα N.caninum (3,8%) και L.infantum (9,6%). Η ανάλυση με ΣΓΠ σε συνδυασμό με το Οικολογικό Μοντέλο Θέσης έδειξαν ότι η βροχόπτωση και οι χρήσεις γης επηρεάζουν σημαντικά την έκθεση του λαγού στα πρωτόζωα T.gondii και L.infantum. Επιπλέον, εντοπίστηκαν oι περιοχές υψηλού κινδύνου για την έκθεση του λαγού σε T.gondii και L.infantum και δημιουργήθηκε ένας χάρτης πρόβλεψης του κινδύνου έκθεσής τους στα εν λόγω πρωτόζωα για τις περιοχές της βόρειας και κεντρικής Ελλάδας.Η φυλογενετική θέση των πρωτόζωων Leishmania spp που ανιχνεύθηκαν σε ανθρώπους, σκύλους, γάτες και λαγούς στη Θεσσαλία, προσδιορίστηκε μέσω της φυλογενετικής ανάλυσης και της ανάλυσης της περιοχής ITS1 του γενώματος του πρωτόζωου Leishmania και περιγράφεται στο τέταρτο κεφάλαιο αυτής της διατριβής. Οι αλληλουχίες Leishmania που προήλθαν από διαφορετικούς ξενιστές βρέθηκε ότι ανήκουν στο σύμπλεγμα Leishmania donovani. Το είδος L. infantum εντοπίστηκε σε όλες τις αλληλουχίες Leishmania που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη, υποδεικνύοντας ότι αποτελεί το κυρίαρχο είδος που κυκλοφορεί σε διαφορετικούς ξενιστές στη Θεσσαλία. Επίσης, την ύπαρξη του ζωονοτικού κύκλου μετάδοσης της L.infantum στην περιοχή μελέτης και την πιθανή αλληλεπικάλυψη μεταξύ του οικόσιτου και του άγριου κύκλου μετάδοσης του πρωτόζωου. Απροσδόκητα, μία αλληλουχία Leishmania ταυτοποιήθηκε ως L. donovani σε ένα δείγμα γάτας, υποδεικνύοντας την πιθανή παρουσία μόλυνσης από L. donovani, σε μια γάτα στην περιοχή της μελέτης, δίνοντας το έναυσμα για περαιτέρω διερεύνηση.Το τελευταίο κεφάλαιο ,αφορά στην εμφάνιση μόλυνσης ή / και έκθεσης του Καφέ Ευρωπαϊκού λαγού, σε βακτηριακούς παθογόνους παράγοντες συμπεριλαμβανομένων των Bartonella spp, Brucella spp, Coxiella burnetii και Francisella tularensis. Η διερεύνηση που πραγματοποιήθηκε κατά τη διάρκεια θηρευτικών περιόδων δύο ετών, στη βόρεια και κεντρική Ελλάδα. Αντισώματα κατά της Bartonella spp ανιχνεύθηκαν στο 11,4% των εξεταζόμενων λαγών, ενώ κανένα δείγμα δεν βρέθηκε οροθετικό για τα βακτήρια Brucella spp, C. burnetii και F. tularensis. Η παρουσία του DNA των βακτηρίων Bartonella spp, Brucella spp, C. burnetii και F. tularensis δεν ανιχνεύθηκε στα δείγματα που εξετάστηκαν. Φαίνεται ότι ο ρόλος του Καφέ Ευρωπαϊκού λαγού ,στην επιδημιολογία των παθογόνων μικροοργανισμών Brucella spp, C. burnetii και F. tularensis είναι ελάχιστης σημασίας στην Ελλάδα ενώ τογεγονός ότι το είδος αυτό, βρέθηκε να έχει εκτεθεί στη Bartonella spp αξίζει περαιτέρω διερεύνηση για την αναγνώριση του ρόλου του ως εναλλακτικού ξενιστή αυτού του βακτηρίου.Η παρούσα διατριβή, παρέχει μια εικόνα για το ρόλο ενός σημαντικού είδους θηραμάτων στην Ελλάδα, του Καφέ ευρωπαϊκού λαγού, στην επιδημιολογία παρασιτικών και βακτηριακών ζωονοτικών παθογόνων παραγόντων. Το είδος αυτό έχει περιορισμένη περιοχή ενδημίας, είναι επομένως επιρρεπές σε παθογόνους παράγοντες που υπάρχουν στο φυσικό του περιβάλλον. Ωστόσο, μοιράζεται τον ίδιο χώρο διαβίωσης με άλλα άγρια και ελεύθερης εκτροφής ζώα, συμπεριλαμβανομένων των κυνοειδών, των αιλουροειδών και των μεγάλων αρπακτικών πτηνών, που αποτελούν τους φυσικούς του θηρευτές καθώς επίσης και με τους κυνηγετικούς σκύλους. Η σπουδαιότητά του, ενισχύεται περαιτέρω, λόγω των μετακινήσεων ζώντων ζώων τόσο σε διασυνοριακό επίπεδο όσο και σε μεγάλες αποστάσεις, καθώς επίσης και λόγω του ότι αποτελεί ξενιστή διαβιβαστών και θήραμα πολλών σαρκοφάγων και παμφάγων, τα οποία μετακινούνται καλύπτοντας εκτεταμένες αποστάσεις και έρχονται σε επαφή με τα κατοικίδια ζώα και τον άνθρωπο. Εξάλλου, η σύντομη διάρκεια ζωής του, καθιστά αυτό το είδος, έναν εξαιρετικό δείκτη για την πρόσφατη μετάδοση παθογόνων παραγόντων στην περιοχή. Η εντατική επαφή του, με διαβιβαστές όπως κρότωνες, κουνούπια και σκνίπες, έχει εμπλέξει τους λαγούς στην επιδημιολογία σημαντικών νοσημάτων που προκαλούνται από διαβιβαστές όπως η Λεϊσμανίαση. Η συνεχής επιτήρηση των πληθυσμών των λαγών, θα μπορούσε να παρέχει πληροφορίες σχετικά με την κατάσταση της υγείας του πληθυσμού του λαγού, καθώς και τους παθογόνους παράγοντες που κυκλοφορούν στην περιοχή διαβίωσής του. Παθογόνοι παράγοντες, οι οποίοι συνιστούν κίνδυνο για την άγρια πανίδα, τα κατοικίδια ζώα και φυσικά τον άνθρωπο.