Στην παρούσα διδακτορική διατριβή διερευνήθηκαν τα δύο πιο σημαντικά παθολογικά προβλήματα του εκτρεφόμενου κρανιού (Argyrosomus regius): η Χρόνια Συστημική Κοκκιωμάτωση (ΧΣΚ) και η Χρόνια Ελκωτική Δερματοπάθεια (ΧΕΔ). Για την ΧΣΚ διερευνήθηκαν δύο υποθέσεις σχετικά με τον αιτιολογικό παράγοντα που οδηγεί στην εμφάνιση των κοκκιωμάτων. Η πρώτη υπόθεση αφορούσε την παρουσία κάποιου μολυσματικού παράγοντα, ενώ η δεύτερη πιθανολογεί πως πρόκειται για μια μεταβολική διαταραχή, η οποία συνδέεται με τη διατροφή. Για την παρουσία κάποιου μολυσματικού παράγοντα, πραγματοποιήθηκαν τόσο κλασικές μικροβιολογικές, μοριακές και ιστολογικές αναλύσεις όσο και μεταγονιδιωματικές αναλύσεις σε δείγματα που εμφάνιζαν διαφορετικά στάδια δριμύτητας της ασθένειας. Για τη διερεύνηση της μη μολυσματικής υπόθεσης, αξιολογήθηκε η επίδραση διαφορετικών διατροφικών παραγόντων στην εκδήλωση και τη δριμύτητα της ΧΣΚ. Στα δείγματα που λήφθηκαν από τα διατροφικά πειράματα πραγματοποιήθηκαν μικροσκοπική αξιολόγηση της εκδήλωσης της ασθένειας, ιστολογικές αναλύσεις και βιοχημικές αναλύσεις στο πλάσμα του αίματος. Σημαντικό πρόβλημα στη μελέτη της ΧΣΚ στον κρανιό είναι η απουσία δεδομένων από φυσικούς πληθυσμούς σχετικά με την ασθένεια. Στην παρούσα εργασία αξιολογήθηκαν για πρώτη φορά ως προς την παρουσία κοκκιωμάτων αλιευμένα άτομα κρανιού. Συνολικά, από τα αποτελέσματα που προέκυψαν από τη διερεύνηση της ΧΣΚ στον κρανιό φαίνεται πως η μολυσματική υπόθεση σχετικά με την εκδήλωση της ασθένειας είναι λιγότερη πιθανή. Από την αξιολόγηση της επίδρασης διαφορετικών διατροφικών παραγόντων στην εκδήλωση της ασθένειας βρέθηκε σημαντική βελτίωση της κατάστασης με τη χρήση τροφών που βασίζονταν σε υψηλή συγκέντρωση ιχθυαλεύρου. Παρόλα αυτά κοκκιώματα παρατηρήθηκαν σε όλα τα ψάρια, υποδεικνύοντας ίσως πως κάποιο συστατικό που είναι κοινό σε όλες τις βιομηχανικές τροφές οδηγεί στην εκδήλωση των κοκκιωμάτων. Περαιτέρω έρευνα απαιτείται, για τη διερεύνηση του ρόλου των αιμοφόρων αγγείων και των κυττάρων rodlet στην εκδήλωση της ΧΣΚ ενώ σημαντικό είναι να διερευνηθεί και ο ακριβής μηχανισμός ανάπτυξης των κοκκιωμάτων, καθώς και η επίδραση που αυτά έχουν στη γενικότερη φυσιολογία του οργανισμού. Οι στόχοι που τέθηκαν σχετικά με τη ΧΕΔ ήταν να γίνει περιγραφή της μορφογένεσης του οργάνου της πλευρικής γραμμής, να διερευνηθεί η επίδραση του νερού της γεώτρησης στην εκδήλωση της ΧΕΔ, να γίνει πολύπλευρη και αναλυτική περιγραφή των αλλοιώσεων με χρήση διαφορετικών τεχνικών, να διερευνηθεί η επούλωση των αλλοιώσεων, και τέλος, να αξιολογηθεί η επίδραση διαφορετικών επιπέδων CO2 και pH στην εκδήλωση της ΧΕΔ. Τα αποτελέσματα της διδακτορικής διατριβής έδειξαν ότι η μορφογένεση των καναλιών της πλευρικής γραμμής στην περιοχή της κεφαλής πραγματοποιείται με φυσιολογικό τρόπο τόσο στα υγιή όσο και στα άρρωστα ψάρια. Η διερεύνηση της επίδρασης του νερού της γεώτρησης στην εκδήλωση της ΧΕΔ έδειξε ότι το σύνολο των εκτρεφόμενων ιχθύων εμφάνισε χαρακτηριστικές αλλοιώσεις ενώ σημαντικό ρόλο στην εκδήλωση των αλλοιώσεων βρέθηκε να έχει η διαταραχή της συντονισμένης λειτουργίας οστεοκλαστών/οστεοβλαστών. Η μεταφορά των ψαριών σε φυσικό θαλασσινό νερό οδήγησε σε πλήρη επούλωση των αλλοιώσεων. Από τα αποτελέσματα της διατριβής βρέθηκε επίσης πως το υψηλό CO2 και το χαμηλό pH ως σύμπλοκο παραγόντων δεν οδήγησαν στην εκδήλωση ΧΕΔ. Στις πειραματικές δοκιμές βρέθηκαν υψηλές συγκεντρώσεις μετάλλων και ιχνοστοιχείων στους κρανιούς με εμφανείς αλλοιώσεις σχετιζόμενες με τη ΧΕΔ, το οποίο θα πρέπει να διερευνηθεί περαιτέρω ως πιθανός αιτιολογικός παράγοντας για την εκδήλωση της ασθένειας