В данной статье рассматривается актуальная задача классификации документов с использованием методов машинного обучения в рамках предметной области научно-образовательного учреждения. Анализ разработок в данной области показал, что достаточной теоретической базы по интеграции существующих методов классификации для анализа документов научно-образовательного учреждения не разработано. Поэтому для решения поставленной задачи сформирован алгоритм классификации документов, учитывающий специфику документов рассматриваемой предметной области научно-образовательного учреждения. В статье рассматривается система признаков, используемая для решения задачи комбинированной классификации. Рассмотрен подход предварительной обработки текста, позволяющий при использовании известных методах машинного обучения повысить точность и быстродействие классификации документов.