Аннотация. На основе спектрально-статистического подхода исследуются основные структурно-статистические свойства кодирующих районов из геномов флавивирусов. Анализируются как полноразмерные кодирующие районы полипротеинов, так и их отдельные структурные сегменты. Показано, что структурно-статистические свойства геномных последовательностей флавивирусов, в целом, аналогичны выявленным ранее свойствам 3-регулярности и скрытой триплетной профильности в кодирующих районах геномов прокариот и эукариот. С другой стороны, в отдельных, кодирующих белки, структурных сегментах из геномов флавивирусов полностью отсутствует двухуровневая организация кодирования, и в их значительной части проявляется свойство однородности последовательности. Такие особенности кодирующих районов флавивирусов объясняются простой структурой и высокой скоростью мутаций их геномов. ВВЕДЕНИЕРанее исследовались структурно-статистические свойства кодирующих районов из геномов прокариотических [1] и эукариотических организмов [2]. Было показано, что практически во всех кодирующих районах распознаётся новый тип скрытой периодичности, названный скрытой профильной периодичностью. Для описания этого типа скрытой периодичности в работе [3] были введены стохастические модели профильной периодичности, в которых паттерном периодичности является случайная строка, состоящая из независимых случайных букв, с заданными вероятностями принимающих значения из алфавита ДНК. В общем случае, последовательности, в которых распознаётся скрытая профильная периодичность, не являются размытыми тандемными повторами. Поэтому для распознавания скрытой профильной периодичности был предложен спектрально-статистический подход, опирающийся на статистические методы и критерии [3]. На основе этого подхода в кодирующих районах геномов различных организмов были выявлены следующие структурно-статистические свойства. Оказалось, что порядка 75 % кодирующих районов (CDSs -Coding DNA Sequences) в геномах бактерий и высших организмов обладают скрытой триплетной * tjs@omsk-osma.ru ** vkutyrkin@yandex.ru *** maramaria@yandex.ru
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
customersupport@researchsolutions.com
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
This site is protected by reCAPTCHA and the Google Privacy Policy and Terms of Service apply.
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.