Influenza and other acute respiratory viral infections are the most common contemporary infectious diseases resulting in prominent harm to human health and great economic damage. At least five groups of viruses including more than 300 subtypes are currently referred to ARVI pathogens. Such infectious agents are characterized by variability resulting in their altered antigenic characteristics, increased contagiousness, "evasion from immune response and resistance to antivirals. Relevance of influenza and other ARVIs is also accounted for by rapid development of bacteria-associated respiratory diseases. Continuous variability of influenza viruses and emergence of new ARVI pathogens pose a serious threat. In recent years, a simultaneous circulation of subtype A (H1N1) and A (H3N2) influenza viruses with a predominance of a pandemic strain as well as type B viruses have been observed. Among the causative agents of non-influenza ARVIs, respiratory syncytial virus, rhino- and adenoviruses, and I/III parainfluenza viruses are recorded most often. Here we present the data of virology and serological examination of clinical samples collected during the 2018 – 2019 epidemic season in the Republic of Kazakhstan. For this, 2794 clinical samples (2530 nasopharyngeal swabs and 264 blood serums) were collected from patients diagnosed with ARVI, ARI, bronchitis, and pneumonia. Analysis of nasopharyngeal swabs for detection of influenza by RT-PCR demonstrated that mixed etiology influenza viruses with predominance of A/H1N1pdm virus circulated in Kazakhstan. The genetic fingerprints of influenza virus were found in 511 swabs (20.20% of total examined samples). Influenza A virus RNA was detected in 508 biological samples: A/H1N1 – in 289, A/H3N2 – in 209, and unidentified virus subtype in 10 samples. Type B influenza virus was detected in 3 samples. Study of 264 serum samples by HAI assay and ELISA showed emergence of antibodies against influenza A/H1N1, A/H3N2, and B viruses in residents from various regions of Kazakhstan that indirectly confirmed co-circulation of these viruses. 42 influenza virus strains were isolated in chicken embryos, from which 28 were assigned to A/H1N1pdm virus, 13 to A/H3N2 virus, and one isolate was identified as influenza B virus. Laboratory diagnostics of clinical samples for ARVIs established that among identified non-influenza agents respiratory syncytial virus dominated, while rhinoviruses and adenoviruses were less common. Metapneumoviruses, bocaviruses, coronaviruses, and type I parainfluenza viruses were detected in few cases. Comparison of study data with those obtained after examining circulation of influenza viruses during the 2017 – 2018 epidemic season showed that in 2018 – 2019 in Kazakhstan similar to the previous epidemic season, influenza A and B viruses continued to circulate, with prevalence of A/H1N1pdm virus. Identification of non-influenza viruses causing respiratory infections in 2018 – 2019 showed predominance of respiratory syncytial virus, which correlated with data on the 2017 – 2018 epidemic season.

В эпидемический период острыми респираторными инфекциями может болеть до 20% населения. Актуальность работы обусловлена необходимостью действенного надзора за острыми респираторными инфекциями в структуре инфекционной патологии. Цель исследования. Обзор существующей системы надзора за гриппом и острыми респираторными инфекциями в Казахстане. Материал и методы. Данные еженедельного мониторинга за заболеваемостью острыми респираторными инфекциями и гриппом и лабораторного надзора за циркуляцией вируса гриппа и других не гриппозных вирусов. Анализ состояния здоровья населения и результатов молекулярно-генетического исследования биологического материала, отобранного от больных ОРВИ и гриппом. Результаты и обсуждение. В Республике Казахстан обеспечена достаточно эффективная система эпидемиологического надзора за гриппом и острыми респираторными заболеваниями (ОРВИ) в виде мониторинга за заболеваемостью, циркуляцией вируса гриппа, других не гриппозных вирусов и выявления новых штаммов вируса. С целью принятия оперативных противоэпидемических мер ежегодно с 1 октября проводится еженедельный мониторинг, с 1 декабря ежедневный мониторинг за состоянием заболеваемости населения РК ОРВИ и гриппом, и циркуляцией вируса гриппа в Казахстане, и обзор ситуации за рубежом. На территории республики ежегодно регистрируются от 600 тысяч до 1,2 млн. случаев ОРВИ и гриппа, в то же время за последние годы наблюдается стойкая тенденция снижения заболеваемости. Результаты лабораторной диагностики показали, что среди выявленных не гриппозных вирусов преобладали риновирусы и респираторно-синтициальные вирусы, аденовирусы, среди вирусов парагриппа доминировали вирусы 1 типа. Метапневмовирусы, бокавирусы и коронавирусы обнаружены в меньшем количестве. Мониторинг циркуляции вирусов гриппа показывает ежегодную смену доминирующего вируса гриппа. В течение 4 эпидсезонов циркулировали 2 субтипа вируса гриппа А и один субтип В, за исключением эпидсезона 2016-2017 гг., когда в течение всего сезона не было детектировано циркуляция вируса А/H1N1/pdm09. При лабораторном надзоре за гриппом и ОРВИ используется метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) в филиалах национального центра экспертизы, что связано с дороговизной импортных тест-систем. Секвенирование генома вируса гриппа проводится на базе Научно-практического центра санитарно-эпидемиологической экспертизы и мониторинга (НПЦСЭЭМ), г. Алматы и филиале Национального центра экспертизы (НЦЭ), г. Астана. Выводы. Надзор за ОРВИ и гриппом в Казахстане осуществляется на всей территории с достаточной оперативностью и информативностью. Актуальной проблемой совершенствования мониторинга за ОРВИ и гриппом является необходимость расширения арсенала диагностических тест-систем, в том числе и препаратами отечественного производства. Ключевые слова: острые респираторные инфекции, грипп, мониторинг, молекулярно-генетические исследования.

The purpose of the study was to examine susceptibility of the Kazakhstan strains of infl uenza A/H1N1 and type B viruses, isolated from various regions of Kazakhstan in 2018–2019, to antiviral drugs. Materials and methods. The susceptibility analysis of 20 strains of infl uenza A/H1N1 and B viruses was carried out with chemotherapeutic agents including Remantadine, Tamifl u, Arbidol, and Ingavirin. Viruses were cultured in the allantoic cavity of developing 10-day-old chicken embryos for 48 hours at 36 °C. The hemagglutinating activity was determined according to the conventional method on 96-well plates using 0.75% chicken red blood cell suspension; the infectivity was calculated by the Reed-Muench method. The sensitivity of virus strains to diff erent concentrations of antiviral drugs was evaluated by the level of reproductive suppression of 100 lg EID50/0.2 ml of virus in chicken embryos. Statistical analysis was performed with the use of Microsoft Offi ce Excel 2010 software. Results. A study of sensitivity to chemotherapeutic agents demonstrated heterogeneity of Kazakhstan 2018–2019 infl uenza A and B viruses population on this feature. The sensitivity to Tamifl u was found in all Kazakhstan strains of infl uenza A/H1N1 virus and three type B strains (inhibitory concentration was 0.44–25.38 μg/mL). The reproduction of most viruses was eff ectively inhibited by tamifl u at a concentration of 0.68–3.23 μg/mL. The inhibitory concentration for the three strains of A/H1N1 virus was 7.23–25.38 μg/mL. Remantadin inhibited the reproduction of viruses at higher doses (12.60–25.55 μg/mL). All viruses under study were resistant to Arbidol and Ingavirin. One type B infl uenza virus was found to be weakly sensitive to Ingavirin. Conclusion. The heterogeneity of the infl uenza virus population in their sensitivity to antiviral drugs indicates the need for constant epidemiological surveillance in order to identify drug-resistant variants.

В статье показаны результаты мониторинга циркуляции разных серотипов вируса гриппа на территории южного Казахстана в эпидемический период 2020-2021 гг. С этой целью в период с декабря 2020 г. по февраль 2021 г. в лечебных учреждениях различных регионов южного Казахстана от больных людей получено 370 носоглоточных смывов. При скрининге образцов в полимеразной цепной реакции в режиме реального времени обнаружен генетический материал как вируса гриппа А (8,11% случаев), так и вируса гриппа В (5,14%). При субтипировании образцов, положительных на грипп типа А, РНК вируса гриппа A/H1N1/pdm выявлена в 2,97% проб, A/H3N2 – в 3,51%. В результате последовательных пассажей биопроб на куриных эмбрионах выделено три гемагглютинирующих агента, идентифицированных в реакции торможения гемагглютинации и реакции ингибиции нейраминидазной активности как вирусы гриппа А/H1N1pdm, А/H3N2 и типа В. This paper demonstrates the results of monitoring the circulation of different serotypes of influenza virus in the territory of the southern Kazakhstan during the 2020-2021 epidemic period. For this purpose, 370 nasopharyngeal swabs were obtained from patients in healthcare facilities located in various regions of the southern Kazakhstan during the period from December 2020 to February 2021. Screening of samples in real-time polymerase chain reaction has revealed genetic material of both influenza A virus (8.11% of cases) and influenza B virus (5.14%). When subtyping samples positive for influenza type A, the influenza A/H1N1/pdm virus RNA have been detected in 2.97% of samples, while that from the A/H3N2 virus in 3.51%. As a result of successive passages of biosamples in chicken embryos, three hemagglutinating agents have been isolated and identified in the hemagglutination inhibition assay and the neuraminidase inhibition assay as influenza A/H1N1pdm, A/H3N2, and type B viruses.

No abstract