При аналізі функціонування існуючих підприємств оборонно-промислового комплексу визначено чинники, що негативно впливають на управління інноваційною діяльністю. Переважна частина наукових досліджень і розробок все ще здійснюється тими організаціями науково-дослідних і дослідно-конструкторських робіт, які найбільш віддалені від потреб підприємств і попиту на продукцію з боку промислового сектора, в тому числі і оборонно-промислового комплексу. Два фактори - низькі інноваційні можливості оборонно-промислових підприємств і відносна ізольованість галузевих дослідних інститутів від промислових підприємств - чинять негативний вплив на рівень конкурентоспроможності, а також на конструювання, виробництво і реалізацію продукції в Україні. На ділі можна сказати, що ці два фактори є найсуттєвішими перешкодами на шляху перетворення української системи наукових досліджень і розробок в українську інноваційну систему.