Термин «вакуумный электрофорез» имеет несколько трактовок, зависящих от области применения. Во-первых, речь идёт о капиллярном электрофорезе на базе мультиплексных вакуумных техник VAMCE (vacuum-assisted multiplexed capillary electrophoresis) и совместимых с капиллярным электрофорезом методов масс- спектрометрии с использованием вакуумированной поверхности раздела сред. Во-вторых, речь идёт о классическом вакуумном блоттинге, используемом как средство более эффективного по сравнению со стандартным блоттингом переноса при анализе нуклеиновых кислот. В-третьих, в медицине под этим понимается метод физиотерапевтического и, реже, интраоперационного и постоперационного воздействия с использованием электрокинетических принципов. Основное распространение в биохимии и молекулярной биологии получил на данный момент вакуумный блоттинг, хотя степень откачки не позволяет говорить о вакуумном характере данного метода в полной мере. Основным приложением вакуумного блоттинга на начальном этапе развития и основным преимуществом, позволяющим говорить о вакуум-трансфер-техниках в молекулярной генетике, являлся саузерн-блоттинг, то есть метод переноса ДНК с агарозного геля на мембранный фильтр для гибридизации. Надо сказать, что одними из первых, кто использовал данный подход, были советские специалисты, причем, в отличие от поздних зарубежных аналогов ими использовались не синтетические полиамидные (нейлоновые), а нитроцеллюлозные мембраны. В настоящее время технологии полностью автономного вакуумного блоттинга в РФ и СНГ утрачены, то есть не могут быть проведены без импортируемых реагентов и комплектующих. Ко времени распада СССР, к концу 1980-х – началу 1990-х гг., за рубежом сложилась комплексная практика вакуумного блоттинга, совместимая с гель-электрофорезом. Был накоплен опыт применения вакуумной техники в нозерн-блоттинге (РНК), в том числе с UV-фиксацией. Сообщалось также о совместимости вакуум-блоттинга с геномным секвенированием и футпринтингом in vivo. На рубеже 1980-х – начала 1990-х годов за рубежом начался промышленный выпуск вакуумных блоттеров. Классическим вакуумным блоттером стал BOEKEL Appligene c встроенным вакуумметром от 0 до 100 мбар, показанный на илл. 3. Этот аппарат считается «рабочей лошадкой» (английский жаргонизм, «workhose») и доселе используется на многих практических работах в англосаксонских и европейских университетах. На его примере можно достаточно наглядно продемонстрировать принцип метода, отображаемый в виде своего рода сендвич-структуры: агарозный гель, нейлоновая мембрана, ватман, пористый мат (все в резиновой рамке). Наличие ватерпаса на панели короба позволяет обеспечивать нормальный градиент распределения. Множество других компактно-планарных моделей представляет собой упрощенные рамочные конструкции такого же типа, но без встроенного манометра / вакуумметра.