RESUMONo seu entorno, a lagoa Caiubá apresenta regiões preservadas e áreas com cultura de arroz e de pecuária. Esta pesquisa descreve o padrão de variação sazonal e espacial das variáveis fisico-químicas e biológicas durante os anos de 2009 e 2010, em nove pontos distribuídos espacialmente na lagoa, representando suas partes norte, central e sul. A qualidade da água foi avaliada através da aplicação do índice de estado trófico (IET), do índice de qualidade de água (IQA) e das classes da Resolução CONAMA 357/2005. Foram coletadas amostras de invertebrados bentônicos e determinados os Índices Bióticos (IB) de acordo com os modelos da Environmental Protection Agency (EPA-USA) e a adaptação do Biological Monitoring Working Party (BMWP). Os resultados evidenciaram um sistema com alta turbidez e conteúdo de fósforo, além de baixa razão N:P, e com poucas alterações sazonais e espaciais nas variáveis medidas. Embora os resultados do IQA e CONAMA tenham classificado a lagoa Caiubá como águas de excelente a boa qualidade, os resultados do IET e dos IB foram opostos classificando a lagoa como sistema alterado e poluído. Conclui-se que esses índices devam ser readequados através de avaliações sistemáticas visando refletir as condições de qualidade de ecossistemas aquáticos em meio rural, na região subtropical do Brasil. The results demonstrated a system with high turbidity and phosphorus content, and low N:P ratio, and with little seasonal and spatial changes in the measured variables. Although the results of WQI and the CONAMA have classified the lagoon waters with excellent to good quality, the results of the TSI and the BI were opposites, classifying the ecosystem as amended and polluted system. It is concluded that these indices should be readjusted through systematic evaluations in order to reflect the quality condition of aquatic ecosystems in rural areas in the subtropical region of Brazil.