O objetivo do estudo foi verificar a participação e o interesse dos alunos do Ensino Médio nas aulas de Educação Física. Estudo epidemiológico, realizado com 2050 escolares do Ensino Médio distribuídos em 21 escolas da rede estadual de ensino. A amostra foi do tipo probabilística por conglomerados. Para a coleta de dados, utilizou-se um questionário autoaplicável com variáveis sociodemográficas, a participação nas aulas de Educação Física no Ensino Médio, a opinião quanto a retirada da disciplina e o interesse pelas aulas. Foi utilizado o teste estatístico Qui-quadrado para a comparação entre os sexos, adolescente ativo ou inativo e para comparação entre os diferentes anos do Ensino Médio (1º, 2º e 3º ano) assumindo um nível de significância de p<0,05. Dos 2050 adolescentes participantes da pesquisa, 937 (45,8%) eram do sexo masculino e 1109 (54,2%) do sexo feminino, há uma diminuição na participação das aulas de Educação Física com o aumento da escolaridade; 27% dos adolescentes referiram que não participam das aulas de Educação Física, enquanto 92% afirmaram não concordar com a retirada da Educação Física do Ensino Médio. Identificamos nesse estudo uma elevada prevalência de alunos do Ensino Médio que não participam das aulas de Educação Física, com o predomínio de meninas entre os estudantes que não participam, no entanto, uma grande maioria não concorda com a retirada desse conteúdo da grade curricular.