We present herein a synthesis of faunistic data from caves in the Serra da Bodoquena karst area, middle Paraguay River basin, Mato Grosso do Sul State. Those include phreatic, submerged and dry caves. Emphasis is given to troglobites (exclusively subterranean species), potentially threatened due to their morphological, physiological and behavioral specializations, associated to generally small distributions. The Bodoquena karst area distinguishes as a spot of high diversity of troglobites, such as trichomycterid and heptapterid catfishes, aquatic planarians and gastropods, arachnids (Eusarcus opilionids, ctenid spiders), Polydesmida diplopods, several collembolans, some insects, and Peracarida crustaceans, which include interesting phylogenetic relicts as spelaeogriphaceans. Four geographic compartments corresponding to microbasins, seemingly with biogeographic importance for the subterranean fauna, are recognized. Phreatobic troglobites (Trichomycterus catfishes, aquatic peracarids, planarians) distribute widely across these compartments and some well beyond (the spelaeogriphacean Potiicoara brasiliensis reaches Mato Grosso state), while those living in base-level streams (Rhamdia and Ancistrus catfishes) and the terrestrial ones, that live in the vadose (aerated zone) are generally restricted to one compartment. Many subterranean ecosystems in Mato Grosso do Sul are endangered by several threats described here and urgent actions for effective protection are required to guarantee a sustainable use of the land and the karst aquifers. Keywords: Subterranean biodiversity, troglobites, distribution, Serra da Bodoquena karst area, Mato Grosso do Sul, Biota-MS Program.CORDEIRO, L. M., BORGHEZAN, R., TRAJANO, E. Biodiversidade subterrânea na área cárstica da Serra da Bodoquena, bacia do Rio Paraguai, Estado do Mato Grosso do Sul, Sudoeste do Brasil. Biota http://dx.doi.org/10.1590/1676-06032014011414Resumo: Neste trabalho, sã o reunidos dados faunísticos sobre os tá xons registrados em cavernas, freá ticas, submersas e secas, da á rea cá rstica da Serra da Bodoquena, na bacia do médio Rio Paraguai, Estado do Mato Grosso do Sul. É dada maior ênfase à s espécies exclusivamente subterrâ neas (trogló bias), potencialmente ameaçadas de extinçã o devido à s especializaçõ es morfoló gicas, fisioló gicas e comportamentais, e a distribuiçã o geralmente restrita. A Serra da Bodoquena destaca-se por sua alta diversidade de trogló bios, entre peixes siluriformes, planá rias aquá ticas e gastró podes, aracnídeos (opiliõ es Eusarcus, aranhas Ctenidae), dipló podes Polydesmida, diversos colêmbolos e alguns insetos, e crustá ceos Peracarida, que incluem destacados relictos filogenéticos, como os crustá ceos Speleogriphacea e anfípodes Megagidiella. Sã o reconhecidos quatro compartimentos de aparente relevâ ncia biogeográ fica para cavernícolas, correspondendo a microbacias na á rea. Trogló bios freá ticos (bagres Trichomycterus, crustá ceos Peracarida aquá ticos, planá rias) apresentam distribuições amplas através desses co...