An analysis was made of the spatial and temporal distribution of the abundance and composition of fish larvae assemblies, aiming to ascertain correlations with biotic and abiotic factors in marginal lagoons of the Cuiabá River floodplain in Brazil's Pantanal wetlands. Samples were collected bimonthly in the pelagic region of the marginal lagoons (fourteen lagoons) close to the littoral zone covered by aquatic macrophytes from December 2006 to April 2007. The captured individuals consisted of 2,739 larvae, represented predominantly by Triportheus spp. (Characidae), Parodontidae, Anostomidae, Characidae and Serrasalmidae. Larval density varied among the sample lagoons in December, but the biotic (zooplankton density) and abiotic (water temperature, electrical conductivity, dissolved oxygen, pH, water transparency and lagoon depth) factors did not significantly affect larval composition and abundance. Larvae were captured throughout the sample period, with the highest densities occurring in December and early January. Temporally, lagoon depth, water transparency and fluviometric level showed a negative correlation with larval density. Both the zooplankton and the larval density vary positively, responding likewise to the environmental conditions imposed by flooding. The highest larval density was also found to coincide with the first rains (early December), when the rainfall has not yet reached its peak.Foi realizada uma análise da distribuição espaço-temporal da abundância e composição da assembleia de larvas de peixes, com o objetivo de verificar as correlações com os fatores bióticos e abióticos em lagoas marginais da planície de inundação do rio Cuiabá, Pantanal, Brasil. As amostras foram coletadas quinzenalmente na região pelágica das lagoas, perto da zona litorânea coberta por macrófitas aquáticas, de dezembro de 2006 à março de 2007, na planície de inundação. Foram capturadas 2.739 larvas, representadas predominantemente por Triportheus spp. (Characidae), Parodontidae, Anostomidae, Characidae e Serrasalmidae. A densidade de larvas variou entre as lagoas amostradas em dezembro, mas as variáveis bióticas (densidade de zooplâncton) e abióticas (temperatura da água, condutividade elétrica, oxigênio dissolvido, pH, transparência e profundidade da lagoa) não afetaram significativamente a composição e a abundância das larvas. As larvas foram capturadas ao longo de todo o período de amostragem, com maiores densidades no mês de dezembro e início de janeiro. Temporalmente, a profundidade da lagoa, a transparência e o nível fluviométrico mostraram uma correlação negativa com a densidade de larvas. Tanto a abundância de zooplâncton, quanto à abundância de larvas variaram positivamente, respondendo da mesma forma às condições ambientais impostas pela cheia. A maior densidade de larvas coincidiu com as primeiras chuvas (início de dezembro), quando a pluviosidade ainda não tinha atingido seu pico.