Accelerated method of identification of bacteria and micromycetes in hemocultures in children using multiplex PCR in real time

Abstract

Резюме Цель: оценить эффективность и клиническую значимость ускоренного метода идентификации микроорганизмов в гемокультурах у детей с использованием мультиплексной ПЦР в режиме реального времени. Материалы и методы: всего было исследовано 72 образца крови, полученных от 62 детей в возрасте от 3 месяцев до 16 лет. Идентификацию выделенных культур проводили с помощью ПЦР в реальном времени, а также с использованием классических культуральных микробиологических методов. Результаты: исходя из частоты выявления и клинической значимости патогенов, выделяемых от больных, была сформирована панель тест-систем для их идентификации с помощью ПЦР в реальном времени. Показано, что эффективность метода идентификации бактерий и микромицетов с помощью ПЦР в реальном времени по сравнению с микробиологическим методом составила 86,7%. Установлено значительное сокращение времени идентификации возбудителей (с 48 ч до 5-7 ч). Кроме того, использование данного метода позволяет в эти же сроки выявлять ряд генов антибиотикорезистентности (в частности, гены приобретенных карбапенемаз и метициллин-резистентности стафилококков). Заключение: разработанный метод идентификации микроорганизмов в крови с использованием ПЦР в реальном времени показал свою эффективность, клиническую значимость и возможность использования при оказании медицинской помощи педиатрическим пациентам. Его применение значительно сокращает сроки получения результатов и, таким образом, позволяет начать своевременную этиотропную терапию.

Infectious complications in multiple myeloma patients undergoing autologous peripheral blood stem cell transplantation

“…Bacteriological analyses and identification of micromycetes were performed by routine technique over the entire study period, according to current guidelines [7]. We have also used a molecular biology method for rapid identification of microorganisms in blood cultures by means of real-time multiplex PCR technique [8]. Upon the RT-PCR-based detection of Gram-negative microorganisms in the cultures, we tested them for acquired carbapenemase genes, i.e., metallo-β-lactamases (VIM, IMP, NDM groups), KPC, and OXA-48-like groups were.…”

“…microorganisms. In addition, multidrug-resistant (MDR) bacteria were identified by detecting carbapenemase genes, and faster diagnostic methods by PCR-RT were applied, thus reducing analysis time by 24-48 hours [8].…”

Biodiversity screening of gut microbiome during autologous stem cell transplantation as a predictor of bloodstream infections in oncohematological patients

“…Phylogenetic classification from phyla to the species level was performed using the Illumina database. For the rapid identification of pathogens, automatic bacteriological systems (BacT/ALERT 3D) were used in combination with our method based on real-time PCR [3]. Clinical and demographic parameters, i.e., patient's age, sex, underlying disease, conditioning regimen, source of hematopoietic stem cells, duration and choice of antibiotics, were included in the analysis.…”