O ensino da bioquímica é, muitas vezes, exposto em aulas teóricas, sendo visto pelos alunos como disciplina de difícil aprendizado. A aprendizagem baseada em equipe (ABE) é uma ferramenta de aprendizagem ativa que combina a preparação independente do estudante, previamente à aula, com a discussão em pequenos grupos em classe, sendo que o estudante assume uma posição ativa no aprendizado. Adotamos a ABE no ensino do metabolismo lipídico na disciplina de bioquímica. Neste estudo, avaliamos as percepções dos alunos sobre a ABE através de uma pesquisa qualitativa e também através do desempenho estudantil em três semestres onde diferentes abordagens de ensino foram utilizadas. Para a preparação da atividade, aulas expositivas foram complementadas com materiais extras que foram disponibilizados previamente aos estudantes. No dia da atividade os estudantes realizaram um teste individual, um teste de equipe e finalmente uma discussão geral do assunto abordado. Os resultados demonstram que os estudantes se sentiram motivados, no entanto apresentaram dificuldades em trabalhar em grupo. O desempenho dos estudantes que participaram da ABE melhorou em relação aos alunos que participaram apenas de aulas expositivas ou estudo dirigido. Este trabalho permite concluir que a inserção de metodologia ativa como a ABE favoreceu o desenvolvimento de habilidades cognitivas e não cognitivas e pode ser uma estratégia de ensino eficaz para a bioquímica.