Objetivos: Revisar y analizar la acción de microorganismos endófitos y la colonización de las plantas por rizobacterias y su papel en la bio-remediación de ecosistemas degradados. Métodos: Se han utilizado técnicas de búsqueda bibliográfica en revistas científicas recientemente publicadas sobre bio-remediacion del ecosistema y se ha sistematizado la información a través de motores de búsqueda por internet, estableciendo criterios adecuados para poder estructurarla como una revisión bibliográfica. Resultados: La bio-remediación es una técnica que utiliza el metabolismo microbiano para eliminar los contaminantes del ecosistema. Diversas técnicas y estrategias de bio-remediación pueden ser utilizadas para eliminar los desechos peligrosos de la biosfera. Durante la última década, esta técnica específica ha surgido como una herramienta potencial para la biodegradación de contaminantes metálicos. Esta situación ha cambiado recientemente ya que ha surgido la bio-remediación para otros contaminantes, como los compuestos orgánicos volátiles, aceites crudos, entre otros químicos. Los mecanismos para la bio-remediación dependen de la movilidad, solubilidad, degradación y biodisponibilidad de los contaminantes. La biodegradación de contaminaciones se asocia con el crecimiento y el metabolismo microbiano, es decir con los factores que tienen un impacto en su proceso de desarrollo; estos factores tienen una gran influencia en la degradación. Conclusiones: El reconocimiento de los procesos microbianos naturales es indispensable para la comprensión de mecanismos efectivos de bio-remediación. En esta revisión de literatura, hemos hecho hincapié en la acción de microorganismos endófitos y la colonización de las plantas por rizobacterias y su papel en la bio-remediación mejorada por la interacción entre bacterias y plantas y más recientemente, con microorganismos genéticamente modificados.Palabras clave: Mitigación, degradación del ecosistema, endófitos, rizobacterias.