Resumo Este artigo teve como objetivo caracterizar o perfil dos trabalhadores da Atenção Primária à Saúde e analisar as medidas de proteção de riscos ocupacionais em dois estados brasileiros durante a pandemia da Covid-19. Trata-se de estudo quantitativo do tipo survey, com amostra aleatória de 259 profissionais de saúde da Atenção Primária dos estados de Mato Grosso do Sul e São Paulo no período inicial da pandemia. A maioria dos participantes era do sexo feminino (85,3%), profissionais de enfermagem (40,6%) com idade média de 39,1 anos (dp ± 9,5) e do estado de São Paulo (73%). Utilizaram-se análise descritiva e teste exato de Fisher. Quanto às medidas de proteção de risco ocupacional no trabalho, verificou-se que a imunização antecipada contra influenza teve maior frequência no Mato Grosso do Sul (93,8%), porém 47,7% não tiveram acesso aos testes de Covid-19 neste estado e 24,3% em São Paulo. Os profissionais de nível superior tiveram mais acesso à máscara N95/PFF2 (10,2%) em comparação aos auxiliares e técnicos, com 6,5% e 7,8%, respectivamente. Observaram-se possíveis diferenças nas gestões municipais dos respectivos estados, que parecem não ofertar o acesso equânime de profissionais da Atenção Primária à Saúde a proteção, imunizantes e testes para detecção de SARS-CoV-2.