A utilização crescente de terapias imunossupressivas e o surgimento de infecções retrovirais, tanto em humanos como animais, foram decisivas para a expansão de doenças oportunistas, em grande parte fúngicas. Tendo em vista esta realidade, desde 2013 o Laboratório de Microbiologia Veterinária (LAMICRO) da Faculdade de Veterinária da Universidade Estadual do Ceará desenvolve atividades de pesquisa e extensão fornecendo diagnóstico micológico para amostras oriundas de pequenos animais atendidos na Unidade Hospitalar Veterinária e posteriormente no Hospital Veterinário Sylvio Barbosa Cardoso. Assim, objetivouse documentar a casuística e os diagnósticos realizados pelo LAMICRO em um período de 5 anos, enfatizando a importância do diagnóstico micológico e contribuindo para o estabelecimento do perfil epidemiológico na região. Para tanto, foi realizado uma avaliação retrospectiva das fichas contendo os dados dos animais, os sinais clínicos, a suspeita principal e os demais exames solicitados. Entre julho de 2013 a dezembro de 2018 foram recebidas 2.431 amostras, dentre estas 543 foram positivas para algum tipo de micose de importância veterinária. Os casos de micoses, diagnosticadas no período de 5 anos, acometeram preponderantemente caninos entre 2 e 10 anos de idade e felinos com até 2 anos de idade; foram mais frequentes em cães e gatos sem raça definida, manifestaram-se em ambas as espécies, por lesões alopécicas, difusas e crostosas; topograficamente, observaram-se lesões assestadas em ambas as espécies nas regiões cefálica, torácica, de membros, cervical e abdominal; tiveram como agentes etiológicos mais comuns Malassezia pachydermatis e Microsporum canis. O conhecimento da epidemiologia das micoses em animais de estimação, principalmente dos dermatófitos, é importante para diminuir a disseminação de infecção por fungos zoofilicos para humanos e auxiliar na obtenção de medidas profiláticas na disseminação da doença entre animais. O exame direto, utilizado no presente estudo, é uma importante forma de diagnóstico e pode auxiliar o clínico reduzindo o tempo necessário para o início do tratamento, no entanto ainda é pouco sensível, dessa forma faz se necessário o uso da cultura fúngica para obter melhores resultados; ambos, associados à clínica do animal, fornecem um diagnóstico mais preciso para que a terapêutica estabelecida seja eficaz para um melhor tratamento e prognóstico dos casos clínicos.